Еще в 1906 году Василий Николаевич приобрел большой двухэтажный дом-дачу в живописном поселке Тярлево, расположенном между Царским Селом и Павловском. До 1920 года он стал главным пристанищем Василия и Ольги – оставаться в столице стало крайне опасно.
13 сентября 1920 года В.Н. Муравьев подал прошение в Духовный Собор Александро-Невской лавры с просьбой принять его в число братии, на что получил согласие и первое монастырское послушание пономаря.
В это же время послушницей Воскресенского Новодевичьего монастыря стала супруга Василия Николаевича Ольга. Все имевшееся Муравьевы пожертвовали на нужды обителей. Только в лавру Василий Николаевич передал 40 000 рублей в золотой монете – по тому времени целое состояние!
29 октября 1920 года наместник лавры архимандрит Николай (Ярушевич) постриг послушника Василия Муравьева в монашество с наречением ему имени Варнава в честь духовного отца, старца Варнавы Гефсиманского. Тогда же в Воскресенском Новодевичьем монастыре Петрограда была пострижена в монашество Ольга Ивановна Муравьева с наречением ей имени Христина.
Вскоре монаха Варнаву рукоположили в иеродиакона, поставив заведовать кладбищенской конторой. Послушание на кладбище, доставшееся о. Варнаве, было одним из наиболее тяжелых в обители. Страну охватило пламя Гражданской войны. Красные убивали белых, белые убивали красных. На Никольском, Тихвинском и Лазаревском кладбищах плач стоял непрестанный. В храмах Александро-Невской лавры отпевание следовало за отпеванием, панихида за панихидой.
Активное участие принимал о. Варнава в деятельности Александро-Невского братства защиты святой православной веры – самого массового церковно-общественного движения Петрограда начала 1920-х годов. Иеромонахи Гурий и Лев (Егоровы), стоявшие у истоков братства, были ближайшими духовными соратниками иеродиакона Варнавы, особенно о. Гурий, впоследствии – митрополит.
Для Александро-Невской лавры это время было очень тяжелым. Власти постоянно вмешивались в монастырские дела, чинили различные административные препоны.
Однако монашеская жизнь в лавре не только не угасла, но переживала небывалый подъем. Обитель стала настоящим центром церковной жизни Петрограда: открылся пункт сбора средств для помощи голодающим, часть помещений лавры была отведена для инвалидов войны, шел сбор пожертвований от богомольцев на содержание детей, оставшихся без родителей, неимущие ежедневно обеспечивались бесплатными обедами. Работу пункта питания, вместе с иеромонахом Гурием, организовал отец Варнава.
11 сентября 1921 года митрополит Вениамин возвел о. Варнаву в иеромонаха и дал ему новое послушание – главного свечника лавры. Здесь в полной мере пригодились о. Варнаве коммерческие навыки.
На богослужения с участием иеромонаха Варнавы (Муравьева) всегда собиралось множество народа. Его проповеди, отличавшиеся простотой и доступностью. Бывший петербургский купец хорошо знал жизнь людей разных сословий от простолюдина до утонченного интеллигента, их духовные нужды. Все шире становился, круг его духовных чад, а у дверей его кельи все чаще стали появляться посетители, пришедшие за духовным советом и утешением.
Начались аресты ближайших друзей и сподвижников о. Варнавы. Арестовали владыку Петроградского Вениамина, епископа Ладожского Иннокентия, епископа Ямбургского Алексия (Симанского), епископа Петергофского Николая (Ярушевича), архимандритов Гурия и Льва, иеромонаха Мануила, многих других братчиков и насельников лавры.
17 июля 1922 года, едва только о. Варнава успел вернуться из поездки к матери на родину в Ярославскую губернию, в лавру явился обновленческий «архиепископ»-самосвят Николай (Соболев) и заявил о своих правах на лавру, потребовав прекратить возношение за богослужениями в лавре имени Святейшего патриарха Тихона.
Власти потворствовали обновленцам. «Красными двадцатками» была захвачена часть лаврских храмов и строений. Вслед за этим обновленцы попытались образовать свой «церковный совет», чтобы взять власть в лавре в свои руки или, по крайней мере, ограничить полномочия монашеского Духовного Собора лавры.
Сознавая, что само существование Александро-Невской лавры находится под серьезной угрозой, архимандрит Иоасаф, управлявший тогда обителью, основные усилия направил на то, чтобы отстоять лавру от разорения и сохранить братию. Решение, принятое им, было компромиссным: формально признать обновленческое «епархиальное управление», прекратить поминовение патриарха Тихона за богослужениями, однако управлять лаврой самостоятельно и не допускать никаких новшеств, практикуемых обновленцами.
Но и среди лаврской братии возникли разногласия. В этот момент иеромонах Варнава (Муравьев), духовник обители архимандрит Сергий (Бирюков) и иеромонах Варлаам (Сацердотский), пользовавшиеся большим духовным авторитетом и уважением в лавре, призвали братию не вступать с раскольниками в евхаристическое общение. Но вместе с тем решили принять временные внешние уступки, ибо в противном случае братии угрожают немедленные репрессии, а монастырь будет неминуемо упразднен и разграблен.