Контролирующие органы сочли «виновным» в таком демонстративном выступлении не престарелого патриарха, а митрополита Крутицкого, который взял на себя авторство речи; высшее партийное руководство, кроме того, полагало, что председатель Совета Карпов должен быть заменен на лицо, не отягощенное личными отношениями с руководством РПЦ. Новый председатель Совета Владимир Куроедов и руководство КГБ СССР разработали и представили в ЦК КПСС план устранения митрополита Николая от руководящих постов патриархии. 16 апреля 1960 года Куроедов и председатель КГБ Александр Шелепин направили в ЦК записку, в которой, со ссылкой на информацию от агентурных источников КГБ, предлагали «отвести митрополита Николая от участия в работе Всемирного совета мира, Советского комитета защиты мира и отстранить его от руководящей деятельности в Московской патриархии», добиться на это согласия патриарха Алексия; кроме того, в записке говорилось: «КГБ считал бы целесообразным на должность председателя отдела внешних церковных связей назначить архимандрита Никодима Ротова и выдвинуть его как представителя Русской православной церкви для участия в деятельности Всемирного совета мира и Советского комитета защиты мира»; на место Николая как митрополита Крутицкого предлагалось перевести митрополита Ленинградского Питирима (Свиридова), что, среди прочего, обосновывалось «тем обстоятельством, что в случае смерти Алексия он будет являться одним из вероятных кандидатов на пост патриарха».
15 июня 1960 года Куроедов имел беседу с патриархом Алексием, в ходе которой он отметил, что «патриархия не использует больших возможностей по расширению своей внешней деятельности», «за последнее время не провела ни одного крупного мероприятия по объединению православных и инославных церквей против реакционной политики Ватикана, по усилению борьбы за мир». Куроедов возложил основную ответственность за то, что Русская Православная Церковь «до сих пор не заняла в международной церковной жизни ведущей и организующей роли в борьбе за мир» на митрополита Николая, который «формально относится к внешней работе патриархии», неоднократно говорил, что «в зарубежной деятельности церкви заинтересованы только коммунисты»; Куроедов также отметил, что многие статьи в ЖМП «незаслуженно восхваляют роль митрополита Николая в борьбе за мир», что последний «не искренен, говорит одно, а делает другое». Согласно записи беседы, «патриарх подтвердил, что митрополит Николай не искренен и проявляет двойственность», о чем «патриарху говорили многие из духовенства»; «патриарх заявил, что он принципиально не возражает против освобождения митрополита Николая от внешней работы патриархии, но он не видит такой фигуру, которая могла бы осуществить перестройку всей системы внешней работы», назвав, однако, кандидатуру архимандрита Никодима, тогда заместителя председателя ОВЦС.
17 июня Куроедов имел беседу с митрополитом Николаем, которому также высказал неудовольствие «недостатками» в работе ОВЦС, на что митрополит высказал мнение, что «упрек, сделанный ему, как руководителю внешней работой, должен разделить и Совет по делам Русской Православной Церкви, так как прежнее руководство Совета не ориентировало патриархию на систематическое проведение крупных внешнеполитических мероприятий». Митрополит согласился с тем, что, ввиду его загруженности и ухудшения состояния здоровья, правильно будет поставить во главе ОВЦС человека «совершенно свободного от всяких других обязанностей».
21 июня 1960 года, по прямому требованию нового председателя Совета по делам РПЦ В.А. Куроедова, Синод постановил «удовлетворить просьбу Преосвященного Митрополита Крутицкого и Коломенского Николая об освобождении его от должности Председателя Отдела Внешних Церковных Сношений Московской Патриархии.
19 сентября 1960 года Синод постановил: «Освободить Митрополита Крутицкого и Коломенского Николая, согласно его прошению от 15 сентября сего года, от должности Митрополита Крутицкого и Коломенского». Решением патриарха от того же 19 сентября была образована Редколлегия «Журнала Московской патриархии» с А.Ф. Шишкиным в качестве ответственного редактора; общее руководство Издательским отделом возлагалось на епископа Никодима.