Конечно, создание унифицированной ракеты было далеко не простым делом. Прежде всего, требовалось обеспечить совместимость ракеты с существенно различавшимися наземными и корабельными системами наведения и управления, различным оборудованием и вспомогательными средствами. Различались и требования Войск ПВО и флота. Например, для С‑125 считалась достаточной минимальная высота поражения целей порядка 100 м. На момент начала разработки «125‑го» комплекса эта высота соответствовала ожидаемой нижней границе применения боевой авиации по наземным целям. Для флота же требовалась ракета, способная поражать противокорабельные ракеты, летящие над относительно ровной морской поверхностью на высотах порядка 50 м. Различным был и способ размещения ракет перед стартом. Ввиду значительных ограничений по габаритным размерам и особенностям старта в условиях качки они должны были подвешиваться под направляющими, на бугелях, расположенных на стартовой ступени. На наземной пусковой установке ракета, наоборот, должна была опираться бугелями на направляющую.
Как и всякая усложняющая задачу идея, унификация ракеты была поддержана далеко не сразу. Так, ветеран Войск ПВО Борис Николаевич Перовский в книге «Грани «Алмаза» отметил один из эпизодов, происшедших при обсуждении хода работ по С‑125 на совещании у заместителя главкома ПВО П. Н. Кулешова:
Впрочем, через несколько месяцев тон разговоров с Грушиным в КБ‑1 все‑таки пришлось изменять. Зимой – весной 1959 года очередная серия неудач при испытаниях В‑625 поставила под сомнение возможность выполнения директивных сроков по созданию всей системы. К этому времени в ОКБ‑2 был подготовлен проект ракеты В‑601, предназначенной для системы С‑125. По геометрическим, массовым и аэродинамическим характеристикам эта ракета была аналогична В‑600. Ее основным отличием была установка совместимого с С‑125 блока радиоуправления и визирования.
Первое автономное испытание В‑601 в Капустином Яре было проведено 17 июня 1959 года. В тот же день состоялся 20‑й пуск В‑625, во время которого она вновь отклонилась от заданного направления и не попала в сектор обзора РЛС наведения.