Располагая архивными данными, остатками приказного делопроизводства по осуществлению реформы, Милюков обратил внимание на одну черту этого осуществления, которая не бросалась в глаза предыдущим исследователям именно потому, что законодательный материал оставлял ее в тени, не позволяя рассмотреть ее с той ясностью, с какой позволяет это сделать уцелевшее приказное делопроизводство. Эта черта — факультативность реформы в той ее части, которая касалась местных органов городского самоуправления. По указу 30 января 1699 г. реформа в городах не была обязательной: освобождение от юрисдикции воевод предоставлялось на добрую волю городов, «буде они похотят» освободиться «от воеводских обид и налог и поборов и взятков». Освобождение это, однако, давалось не даром. Так же как некогда грамоты на освобождение от власти наместников и волостелей при Грозном, освобождение от воеводской власти давалось ценой уплаты в казну повышенных прямых податей, именно «вдвое против прежнего оклада». Пользуясь составленной в Посольском приказе докладной выпиской, содержащей сводку ответов отдельных городов на это предложение, Милюков привел статистику этих ответов. Из 70 городов, подведомственных приказу княжества Смоленского, Новгородского и четвертям Устюжской, Владимирской и Галицкой, только 11 безусловно приняли правительственное предложение, 33 отказались от него и 26 избрали средний путь, введя органы самоуправления и умолчав о двойном платеже. Из 33 отказавшихся 15 заявили прямо о желании сохранить у себя воеводское управление по-прежнему. Ввиду таких ответов реформа была сделана обязательной, но с избавлением посадов от двойного платежа. С конца 1699 г. реформа стала осуществляться по городам, вызывая осложнения между новыми органами посадского управления и старой воеводской властью. Изображением последствий, какие имела реформа для положения воеводской власти в поморских уездах, и иллюстрацией столкновений между воеводами и вновь появившимися бурмистрами П. Н. Милюков заканчивает свой параграф о городской реформе. Итак, указание на связь городской реформы 1699 г. с финансовой реформой 1679–1681 гг., статистическая обработка ответов городов, вследствие которых реформа превратилась из факультативной в обязательную, и характеристика отношений, создавшихся между воеводами и городскими бурмистрами в первые годы существования новых городских учреждений, — таковы положительные данные, внесенные в изучение вопроса книгой П. Н. Милюкова.
Последняя по времени крупная работа, посвященная истории русского города, книга А. А. Кизеветтера «Посадская община в России XVIII столетия», вышедшая в 1903 г., ставящая своей задачей выяснение состава посадского населения в XVIII в., его служб и платежей и деятельности посадского схода, не касается вовсе реформы 1699 г., отсылая читателя к трудам Плошинского, Пригары и Дитятина.