Сам царь пришёл допросить его, но Глебов насмехался над ним и плюнул ему в лицо.
Но вся жестокость царя, доходившая до того, что этого заключённого прежде заставляли ходить по доскам, усеянным железными остриями, была напрасной.
«Он имел также упорство по всем другим пунктам обвинения, – писал очевидец событий, – но его настолько терзали, что надеялся [скорее] умереть; среди прочих “любезностей” его положили в камеру [утыканную] маленькими кончиками гвоздей из очень крепкого дерева, по которым ему приходилось ходить голыми ногами, и, в конце концов, [он] проколол ступни насквозь. Один хирург по приказу царя посетил кнутованных и доложил, что ноги боярина ужасающе распухли и стоит опасаться гангрены…».
Его заставляли выносить столь много пыток, сколько только можно себе представить, но он ни разу ни в чём не признался и не говорил ничего за исключением того, что царица ни в чём не виновата, и прожил ещё некоторое время после того, как его посадили на кол.
Во время казни на московской площади царь подошёл к своей жертве и заклинал его всем самым святым, что есть в религии, признаться в своём преступлении и подумать о том, что он вскоре должен будет предстать перед Богом. Приговорённый повернул небрежно голову к царю и ответил презрительным тоном: «Ты, должно быть, такой же дурак, как и тиран, если думаешь, что теперь, после того как я ни в чём не признался даже под самыми неслыханными пытками, которые ты мне учинил, я буду бесчестить порядочную женщину, и это в тот час, когда у меня нет больше надежды остаться живым. Ступай, чудовище, – добавил он, плюнув ему в лицо, – убирайся и дай спокойно умереть тем, кому ты не дал возможности спокойно жить».
Сохранилось показание одного иеромонаха, присутствовавшаго при казнях 15 марта, что С.Б. Глебов страшно мучился и оставался жив, сидя на коле, в течение почти целых суток.
Посаженный на кол Глебов хранил молчание с первой минуты своих адских мучений и не принёс покаяния, только ночью просил Иеромонаха принести ему Святые Дары для причащения; неизвестно, выполнил ли эту просьбу отец Маркел.
Иностранцы повествуют, что Глебов имел преданную и любящую супругу. Тщетно она молила о прощении его. Прощения не было. Ея муж сидел на коле, и потухавшими очами страшно глядел на народное скопище. Жена не вынесла ужаснаго зрелища и потери супруга: она наложила на себя руки.
16-го марта 1718 г., в половине восьмаго по полуночи, Степан Богданович Глебов испустил дух на колу. Голова его была отрублена и тело долго валялось на площади между трупами прочих казнённых по страшному розыску, вызванному делом царевича Алексея.