В находящейся под этой — нижней церкви св. Германа почивают под спудом святые мощи его. Собственно говоря, св. Герман был одним из первых в деле основания Соловков, так как он направился сюда с преподобным Савватием, он же направил сюда Зосиму. Подле них, тоже под спудом, покоятся мощи преподобного Иринарха; тут же возле почивали до перенесения мощи св. Филиппа. Надгробные надписи, заметные кое-где, гласят о других угодниках, почивающих в безмятежном спокойствии.
Нет сомнения в том, что в длинном ряду памятей соловецких святитель Филипп в его заслугах, страданиях, в его великой и бесстрастной стойкости пред Иоанном Грозным занимает первое место. Не монастырю только, но всей православной России знаком и дорог этот величавый, страдальческий облик. Филипп происходил из знатного боярского рода Колычевых и воспитывался в царском дворце в Москве. По тридцатому году оставил он царский двор и удалился, в 1539 году, в Соловки; десять лет спустя был он игуменом. Во всей истории русского монашества нет другого лица, ему подобного. Он был образцовым хозяином; благодаря ему, дикие острова сделались благоустроенными; пользуясь своим богатством, Филипп рыл канавы, засыпал болота, созидал пастбища, разводил скот, устроил кожевенный завод и ввел выборное управление между монастырскими крестьянами. Если на Муксалме богат и обилен скотный двор, если по острову бродят стадами лапландские олени, если созданы соляные варницы, — всему этому причиной неутомимое трудолюбие Филиппа.
Шел восемнадцатый год игуменства Филиппа, когда царь Иоанн Грозный, обуянный страстями, больной, жестокий, кровожадный, подозрительный, окруженный лютой опричниной, вспомнил о сверстнике своего детства Филиппе и призвал его на московскую митрополию. Слыхал соловецкий настоятель о том, кто такой Иоанн и против какой воли придется ему бороться, но, повинуясь царскому слову, прибыл в Москву и стал на митрополию. Кто не знает этих ярких страниц нашей истории, где противостоят друг другу, лицом к лицу, Иоанн и Филипп? Много ли подобных страниц в любой истории? «Благослови нас по нашему изволению», говорит митрополиту царь; Филипп не дает ему благословения. «Не я просил тебя о сане», — отвечает митрополит, — «постыдись своей багряницы! Не могу повиноваться твоему велению, паче Божьяго». И кому говорит эти слова митрополит? Иоанну, в период злейшего развития его душевной болезни, говорит в церкви пред лицом всех опричников, из которых каждый — злодей.
Царь долгое время щадил смелого иерарха, но, наконец, назначил суд. Обвинение повели из далеких Соловков, потому что в Москве поводов не нашлось; подкупили соловецкого игумена Паисия. Филипп был обвинен в волшебстве, разоблачен из святительства и, приговоренный к вечному заключению, позорно заточен в тверской Отроч-монастырь. Здесь, 23-го декабря 1569 года, был он задушен Малютой Скуратовым. Царь переказнил, в отместку Филиппу, много неповинных людей из рода Колычевых, и нет сомнения в том, что величавый святитель был ему страшнее Курбского, говорившего не всегда правду, и ту только издалека.
В 1591 году, после того как наследник Иоаннов сослал лжесвидетельствовавшего игумена Паисия на Валаам, мощи Филиппа были перевезены в Соловецкий монастырь и опущены в землю. Трогательным пением гимна, на этот случай сочиненного, приветствовали монахи изможденное тело мученика; гимн начинается словами: «Не надо было бы тебе, о святителю Филиппе, оставлять твое отечество!» В 1646 году, повелением царя Алексея Михайловича, мощи вскрыты и перенесены в Соловецкий собор; в 1652 году торжественно перенесены в Москву, а в Соловках оставлены только их части, хранимые в соборном храме, в серебряной раке, вправо от алтаря.