Там, где гребень хребта изрезан, утесы и каменистые россыпи покрыты лишайниками. Кое-где у ключиков ютятся кустики высокогорных ив и березок. На задернованных участках ледниковых цирков (дворов) образуются зеленые луга из кобрезии и осок, расцвеченные анемонами, водосборами, геранью и жарками. На высокогорных плато развиваются настоящие каменистые тундры, чаще дриадовые или дриадово-алекториевые. Если почва достаточно мощная, их сменяют ерниковые и рододендрово-ерниковые тундры с пышными коврами из кладоний и цетрарий.
Ниже тундра переходит в заросли кедрового стланика, обычно чередующиеся с ягельниками и голыми россыпями. Кое-где среди темных пятен стланика выделяются светло-зеленые заплаты зарослей корявых каменных берез. Приходится продираться сквозь тесно переплетенные упругие ветви стланика, ноги скользят, попадают в капканы ветвей. Стланик — замечательное растение Забайкальских гор, он хорошо плодоносит, и небольшие шишки, туго набитые маленькими кедровыми орешками, которые так любят обитатели заповедника, во многом облегчают им существование в этих суровых местах.
Еще ниже, до самого побережья, простирается тайга. В верхней части лесной пояс слагают пихта и кедр, к которым, чем выше, тем больше примешивается каменной березы, образующей верхнюю границу древесной растительности.
На северных склонах нередки чистые пихтарники, а на южном — кедрачи.
Наиболее богата тайга среднего пояса гор, где преобладают кедрово-пихтовые леса с примесью лиственницы и сосны. В долинах рек леса особенно разнообразны. Светло-зеленые листья и белесая кора огромных душистых тополей рельефно выделяются на фоне темных елей, стройные, грациозные ивы-чозении образуют светлые, чистые рощи у воды. Хорошо растут в поймах сосны и березы, осины и пихты; гигантских размеров достигают здесь кедры. Густые заросли кустарников из красной и черной смородины, черемухи, спиреи, жимолости, рябины, бузины, сибирского дерна, кустарниковой лапчатки и шиповника образуют обильный подлесок.
Среди сплошной тайги на крутых южных склонах нередко встречаются вытянутые вдоль склона луга, по-местному елака-ны. По мнению ботаника Л. Н. Тюлиной, они возникли в результате снежных лавин и селей.
Тайга заповедника как одного из наиболее влажных и суровых районов Забайкалья отличается своей темнохвойностью. Лиственница здесь растет главным образом в узкой прибрежной полосе Байкала и не поднимается высоко в горы. В заповеднике лиственница представлена двумя видами: на севере — даурской и на юге — сибирской; они встречаются в бухте Давша, где преобладает гибридная форма — лиственница Чекановского.
Вообще влияние Байкала на прибрежную полосу настолько велико, что здесь образуется как бы второй подгольцовый пояс растительности, на что обратил внимание еще В. Н. Сукачев. Непосредственно за береговым валом, например близ устья Давши, лежат калтусы, т. е. сфагновые болота, с искривленными лиственницами и клюквой, а вблизи устья Кудалды, как и в других местах, дюнные пески зарастают кедровым стлаником. Найдено здесь и много других альпийско-арктических видов растений, например снежная камнеломка.
Животный мир.
В заповеднике известно около 39 видов млекопитающих, 220 видов птиц, но только 4 вида рептилий и всего 2 вида амфибий.Прежде всего следует сказать о соболе — самом драгоценном и в настоящее время самом многочисленном хищнике заповедника, ради которого он и был создан.
В заповеднике обитает наиболее ценный баргузинский соболь. Суровая горная тайга Подлеморья создала удивительно шелковистую, блестящую, темно-шоколадную шкурку зверька.
Сейчас соболь в заповеднике живет повсюду — от прибрежной тайги Байкала до гольцов Баргузинского хребта. На всей территории обитает 700–800 соболей. Больше всего их в кедровниках среднего пояса гор и зарослях кедрового стланика, где на каждые 1–2 квадратных километра приходится по одному зверьку. В середине зимы, когда наступает пора высоких снегов, соболи, живущие высоко в горах, спускаются в долины рек, где легче находить пищу. Вообще же соболь привязан к своему охотничьему району размером несколько квадратных километров.
Охотится соболь чаще всего ранним утром или поздним вечером и в поисках корма руководствуется своим тонким обонянием, острым зрением и слухом. На деревья лазит редко, но удивительно ловко шныряет среди камней и бурелома. Зимой вы часто встретите в заповеднике ровную цепочку отпечатков широких пушистых лап соболя: вот он вскочил на валежину, нырнул под снег, заглянул под выворот в поисках добычи.