Лисица в начале зимы также живет на побережье Байкала и начинает заглядывать в тайгу лишь тогда, когда уплотняются снега. Летом по долинам рек и на берегу изредка можно встретить мышкующих лис, но в заповеднике им живется, видимо, не очень хорошо, и численность их здесь постоянно низкая.
Другое дело — медведь. В Подлеморье он благоденствует, и его можно встретить повсюду: от берегов Байкала до гольцов. Множество кедровых орехов, ягод, сочной травы на горных лугах, насекомых, бычков и их икры в прибрежной полосе позволяет жить здесь такому количеству медведей, которого нет, вероятно, ни в одном другом месте Сибири.
Весной, в середине апреля, когда образуется настолько прочный наст, что выдерживает тяжесть даже медведя, а на елаканах — крутых южных склонах гор — появляются первые проталины, звери поднимаются из берлог. На полянах они отыскивают молодые проростки трав, перезимовавшие ягоды, кедровые орехи из запасов бурундуков, насекомых; иногда, голодая, преследуют лосей.
Через месяц, в мае, медведи собираются на берегу Байкала, где в это время начинается массовый лет огромного количества байкальских ручейников, а бычки подходят на нерест. По вечерам, выходя на берег, медведи бродят по самому заплесу и, ворочая камни, достают набившихся под них ручейников. Насытившись к полуночи, звери уходят в тайгу, но под утро приходят опять и вновь уходят под покров тайги с восходом солнца. В часы кормежки зверей на берегу слышен стук камней, переворачиваемых медведями, с одного мыса можно видеть двух-трех зверей.
В конце июня, когда горные луга богаты сочным разнотравьем, большинство медведей поднимаются по долинам рек в горы, где и кормятся все лето. Сначала они поедают мясистые стебли и листья большетравья, позднее поспевают ягоды и, наконец, кедровые орехи — излюбленный нажировочный корм. В конце октября медведи бродят в поисках места для берлоги и вскоре залегают под большими плоскими камнями или под корнями деревьев.
Среди диких копытных заповедника наиболее многочислен северный олень, но держатся олени небольшими группами по три — пять голов. Летом их постоянно можно встретить в верховьях рек и на перевалах, где они пасутся на горных лугах и любят отдыхать на снежниках или в тени скал. В октябре олени спускаются в таежные предгорья или прибрежные низменности и пасутся по бруснично-ягелевым борам, в кедрово-пихтовой тайге и по болотам. В апреле они вновь поднимаются в горы, обычно по одним и тем же тропам. В это время легче всего можно видеть цепочку северных оленей, каждый из которых, экономя силы, удивительно точно ступает в след впереди идущего.
Лось в заповеднике стал почти столь же обычным, как и северный олень. Однако он появился здесь недавно, придя с севера, с Витимского нагорья. Теперь он заселил уже всю территорию, но зимой большая часть лосей спускается в долины рек таежного предгорья, где не такие высокие снега, много ивняков, березняков и подроста пихты, т. е. основных его кормов. Летом по долинам наиболее крупных рек лоси поднимаются до высокогорных лугов, и здесь можно встретить их следы рядом со следами северного оленя.
До появления лося в заповеднике, лет 30 назад, здесь было много маралов. Однако параллельно увеличению числа лосей исчезал марал, и теперь он стал большой редкостью в заповеднике. Очевидно, марал не выдерживает конкуренции с лосем и уходит через перевалы на восточные склоны Баргузинского хребта, где по-прежнему лося еще немного.
Еще одно копытное заповедника — кабарга. Мэкчака, как называют кабаргу эвенки, живет повсюду. Больше всего ее на прибрежных мысах, обрамляющих бухты Байкала; кое-где живет она и по бортам узких речных долин в глубине тайги. В сильно захламленной, густой, темнохвойной тайге крутых склонов этого скрытного, живущего поодиночке зверя трудно заметить. Только маленькие и острые копытца, оставляя следы, выдают присутствие кабарги.
Вероятно, ни один зверек так часто не попадается на глаза человеку, как бурундук. Любопытный и задорный, он встречает свистом или цоканьем каждого пришельца и провожает его до границы своего участка обитания.
Нередка в тайге белка, которая здесь зимой темно-серая, а летом смолисто-черная. Особенно много ее в кедровниках и зарослях кедрового стланика, но в последние годы количество белок заметно сократилось. Обычна в заповеднике летяга, но довольно редок заяц-беляк.