В гольцах, на горных лужайках, затерявшихся среди каменистых россыпей и зарослей кедрового стланика, постоянно слышен короткий и резкий свист черношапочного сурка. Выждав немного, пока уляжется тревога, можно увидеть и самих зверьков, сидящих на камнях. Колонии сурков чаще встречаются в верховьях рек и горных ключей; здесь на зеленых лужайках зверьки кормятся сочной травой. К осени черношапочный сурок переходит на орехи кедрового стланика. Только этот необычайно питательный корм в суровых гольцах севера обеспечивает суркам большие жировые запасы на период длинной зимней спячки и голодной поздней весны. Уже в конце сентября, накопив до 2 килограммов жира, сурки сменяют летние убежища среди камней на глубокие зимние норы. Только в середине мая, когда появляются первые проталины на южных склонах, сурки выходят на поверхность. В это время они долго пасутся на зеленеющих лугах, отыскивают насекомых или блаженно греются, распластавшись на теплых камнях, согретых весенним солнцем.
В заповеднике проходит юго-западная граница ареала черношапочного сурка, и численность его здесь невелика. К тому же раньше в этих местах был интенсивный промысел, резко сокративший количество сурков. Теперь поголовье их медленно восстанавливается.
Там же, где и сурки, в каменистых россыпях, шныряют бесчисленные северные пищухи. Тонкий, похожий на птичий свист сопровождает каждого путника среди россыпей и скал гольцового и таежного поясов гор. Уже в начале августа под каменными плитами можно найти их запасы — тщательно высушенные травы, веточки березы или ивы. Эти запасы сена — большое подспорье зверькам, деятельным всю долгую зиму.
В тундрах гольцовой зоны можно поймать саянскую высокогорную полевку, но самые многочисленные мышевидные грызуны здесь, как и повсюду в заповеднике, красные и красно-серые полевки. По берегам рек, особенно в нижнем поясе, много полевок-экономок; здесь же найден лесной лемминг. Редка в заповеднике большая лесная мышь: для нее условия Подлеморья слишком суровы.
Один из самых замечательных зверей этого края — байкальская нерпа. Есть все основания считать, что этот эндемичный для Байкала вид тюленя проник сюда в ледниковую эпоху, очевидно, через Лену. Древний сток Байкала в Лену через Баргузинскую долину и Витим кажется более вероятным путем проникновения нерпы и омуля, чем путь через систему Енисей — Ангара. Так или иначе, ближайший родич байкальской нерпы — кольчатая нерпа обитает в Ледовитом океане.
Байкальская нерпа весит до 100 килограммов, она буровато-серебристо-серая сверху и более светлая снизу. В акватории заповедника нерпа встречается повсюду, но чаще между устьями рек Большой и Таркулика. Почти всю жизнь нерпа проводит в воде, но не реже чем каждые 20 минут она должна подниматься на поверхность за воздухом. Для этого зимой она пользуется специальными отдушинами, которые делает во льду в период ледостава и поддерживает их в течение всей зимы. В воде нерпа плавает со скоростью около 18 километров в час, но по берегу или льду передвигается в четыре раза медленнее. Питается байкальская нерпа рыбой, главным образом голомянкой и бычками. Она не приносит вреда рыбному хозяйству.
В феврале — марте у нерпы рождаются детеныши, чаще один, редко два, покрытые густым белым мехом. В снежных сугробах среди торосов мать устраивает для них лежбища. Лишь небольшое отверстие в снежном своде для доступа воздуха и лунка, ведущая под лед, сообщает это гнездо с внешним миром. Нерпенок быстро растет. Мать кормит его молоком около трех месяцев, но уже с первых дней начинает подкармливать рыбой. Через две-три недели нерпенок сбрасывает белый мех, а еще через две недели сам начинает ловить рыбу. Размножаться нерпы начинают на третьем-четвертом году жизни.
В апреле на лед выходят все звери и устраивают залежки по нескольку десятков голов. В мае — июне происходит спаривание. Вскоре, когда распадается лед, нерпы выходят на береговые лежбища. Они любят вылезать на каменистые берега и подолгу лежать недалеко от воды. Особенно известны излюбленные лежбища байкальской нерпы на Ушканьих островах.
Всего на Байкале сейчас насчитывается 25–30 тысяч нерп. На байкальскую нерпу вне заповедника раньше охотились, добывая ежегодно 1,5–3 тысячи зверей. Ценился жир, составляющий до половины общего веса зверя, а также шкура.
Типична для баргузинской тайги и интересна фауна птиц заповедника.
Чаще всего в тайге слышатся голоса буроголовых гаичек, резкие крики поползней, мелодичные песни зорничек и зеленых пеночек, тихие, нежные голоса синехвосток. Постоянно встречаешь горластых кедровок, трехпалых дятлов, соек и кукш. В некоторые годы бывает очень много клестов-еловиков и белокрылых клестов.