Бадхызские степи необычайно колоритны и красочны весной. Еще из-под снега, если он был, поднимаются и зацветают в феврале меранеры. В марте появляется гусиный лук, и от него холмы (баиры) кажутся зеленовато-желтыми. В конце марта зацветают тюльпаны: сперва желтый на каменистых склонах ущелий, затем красный. Почти одновременно зацветают ремерия и малькольмии. В это время над степью пахнет сиренью от огромного количества цветов крупноцветной фиолетовой малькольмии, а в пойме Кушки образуются кроваво-красные поляны цветущей ремерии. На песках желтеют плотные шапки цветущей пижмы. На неделю или две позднее зацветают маки, а в середине апреля — ферулы. Зелено-белые поля цветущего пустынноколосника двугубого покрывают степи в конце апре ля. В это время в фисташковых рощах, по зеленым склонам разбрасывает свои белые шары цветущий катран. В мае цветут каспийский и гигантский луки, астрагалы. В каменистых ущельях особенно причудливо выглядят метровые стрелки гигантского лука с темно-фиолетовым шаром наверху. В мае цветут мальвы, псоралея, верблюжья колючка; до конца месяца еще цветет живокость, окрашивая склоны в желтый цвет, но большинство эфемеров и эфемероидов уже засыхают. К июню зеленеют только полыни, верблюжья колючка и псоралея.
Ландшафт на западе Бадхыза, где растет фисташка, именуют фисташковой саванной. Здесь, на склонах гор и холмов, разбросаны отдельные деревья высотой 5–7 метров. Толстый ствол фисташки на высоте около полуметра начинает ветвиться, образуя широкую крону. В ущельях можно найти небольшие деревья афганского инжира и тополя-туранги. Кое-где по каменистым склонам растет колючий миндаль.
Наконец, в наиболее опустыненной части Бадхыза, в котловине Ер-Ойлан-Дуз, встречаются участки, поросшие черным саксаулом, а на корках пухлых солончаков обильны солянки. После того как выгорают эфемеры и эфемероиды, Бадхыз местами, особенно в котловинах, в июле — августе напоминает пустыню.
Животный мир.
Богат и своеобразен животный мир Бадхыза. Господствуют степные виды животных, но благодаря южному положению заповедника сюда проникли и пустынные виды. Здесь известно около 35 видов пресмыкающихся, 40 видов зверей и около 250 видов птиц.Пресмыкающиеся Бадхыза разнообразны и обильны, поэтому играют немаловажную роль в жизни биоценозов. Весной, в период наибольшей активности, обращают на себя внимание многочисленные сухопутные черепахи. Например, вдоль реки Теджен в полынно-эфемерово-мятликовой степи мы насчитали в среднем 16 черепах на 1 километр пути. Еще больше степных агам, особенно в восточных частях Бадхыза, где весной ежеминутно встречаешь их самцов с ярко-синим горлом. По обрывам впадин и оврагов нередко можно найти и другую крупную ящерицу в оранжевых пятнах — хорасанскую агаму. Многочисленные длинноногие сцинки и семь видов ящурок играют важную роль в питании хищных птиц, зверей и змей Бадхыза, особенно в годы низкой численности мелких грызунов. В фисташковых рощах достаточно обычны, но малозаметны азиатские гологлазы, а в пустынных котловинах — пять видов гекконов и самая крупная наша ящерица — серый варан. Эта огромная ящерица, распространенная от Африки до Западной Индии и юга Средней Азии, достигает более полутора метров длины. Как сухопутный крокодил, она скитается по пустыне в поисках песчанок, ящериц, молодых черепах, птиц и змей. При встрече с человеком варан шипит, сильно раздувает тело, бьет хвостом направо и налево, раскрывает пасть и пытается укусить. Своими острыми зубами он может нанести глубокую рану, а удар его хвоста оставляет багровый след на коже.
Из змей сравнительно часто встречаются разноцветный и краснополосый полоз; немало ядовитых гюрз, особенно в фисташках. По впадинам много эф и хорошо имитирующих их, но не ядовитых бойг. Здесь же, особенно по саксаульникам, обычны стрела-змея, похожая на нее песчаная змея и три вида удав-чиков. Кобр в Бадхызе больше, чем в других районах Советского Союза.
Фауна птиц Бадхыза также своеобразна. Здесь, как и в других степях, господствуют жаворонки (хохлатый, малый, двухпятнистый и др.). Например, в середине апреля мы насчитывали от 3 до 6 этих птиц на 1 километр пути. Следующие места по численности занимают каменка-плясунья и желчная овсянка. В фисташниках много сорокопутов, особенно серых, буланных вьюрков, розовых скворцов, а в скалах устраивают свои замечательные лепные гнезда скалистые поползни. Постоянно встречаются золотистые щурки и изумрудные сизоворонки. К числу интересных, правда редких, птиц Бадхыза относятся индийский жулан, индийский украшенный чибис и бегунок, гнезда которого найдены в СССР только в Бадхызе.
Одна из интересных особенностей фауны птиц Бадхыза — это обилие и разнообразие хищников (30 видов). Всюду господствуют черный коршун (более одного гнезда на 1 квадратный километр), затем курганник, стервятник и пустельга. Постоянно видишь парящим черного грифа, а на отдельно стоящих деревьях фисташки его огромные гнезда. Относительно многочислен змееяд, балобан, орел-карлик и другие виды.