Серьезное значение для края имело преобразование судопроизводства, замена сборника царя Вахтанга общими русскими гражданскими законами.
Особое внимание князя Барятинского привлекли дела церковные, так как в проповеди христианства среди горцев он видел наилучшее средство объединения Кавказского края с остальной Россией. По этому вопросу под руководством В.И. Бебутова была подготовлена записка о необходимости восстановления среди горцев христианства, которое когда-то существовало среди них, что показывали остатки христианских святынь в горах. Для этого предлагалось учредить Братство Воздвижения Креста, с целью сооружения и содержания церквей и духовенства в горских областях, для чего готовить проповедников христианского учения, учреждать школы при церквах, в которых детей инородцев воспитывать в духе православия, а также Святое Писание и катехизис перевести на кавказские языки. Записка князя Барятинского была представлена императору.
Переданная в Кавказский комитет, с некоторыми изменениями она была затем направлена в Святейший синод. Несмотря на возражения, представленные митрополитом Филаретом и графом Блудовым, было учреждено Общество восстановления православного христианства на Кавказе, под покровительством императрицы Марии Александровны. В основу были положены идеи и принципы организации общества, которые содержались в записке князя Барятинского.
В.И. Бебутов продолжал работать с максимальной отдачей. Однако годы брали свое. Он чувствовал, как силы неумолимо покидали его, и он все отчетливее понимал, что жить ему осталось недолго. Превозмогая боль, он старался забыться в работе. Но это удавалось все реже и реже. Он таял у всех на глазах. Однако Василий Иосифович не терял присутствия духа, держался мужественно, перенося все мучения, старался не подавать вида, насколько ему тяжело. Он старался в работе отвлечься от болезни. Но она ему о себе напоминала постоянно. В работе он спешил сделать как можно больше.
Дела на Восточном Кавказе тем временем шли хорошо. Русские войска теснили Шамиля, все больше сужая подконтрольную ему территорию. Князь Барятинский, предвидя скорое завершение «замирения» Восточного Кавказа, задумывался о его послевоенном устройстве. Поэтому он поручил гражданскому управлению подготовить на этот счет предложения и проекты необходимых документов. В.И. Бебутов, понимая всю важность этого дела, организовал работу с таким расчетом, чтобы подготовить качественные документы с учетом местных особенностей. При работе руководствовались «Особой инструкцией для управления горцами» наместника князя Барятинского.
Надо отдать должное тому, что в этом направлении было сделано много. По существу, были заложены основы будущей кодификации, проведения в 1860–1868 гг. судебно-административной реформы на Кавказе. Первым законодательным актом, положившим начало реформам, явилось «Положение о Кавказской армии», утвержденное 1 апреля 1858 г. Составной частью в нем содержалось «Положение по управлению горскими народами, не вошедшими в состав гражданского управления». Этот документ позволял оперативно и более рационально решать вопросы на территориях, находившихся в ведении военных властей, с учетом местных условий и обычаев.
При всей своей занятости В.И. Бебутов вел и большую общественную работу. Он был вице-президентом Кавказского общества сельского хозяйства и председательствующим в местном отделе Русского географического общества.
Больше всего В.И. Бебутова радовали письма А.П. Ермолова, которому в 1857 г. перевалило за 80 лет. Почтенный возраст все острее давал о себе знать. Василий Иосифович не жаловался ему на свои недуги, давая понять, что чувствует себя хорошо. В декабре 1857 г. В.И. Бебутов получил последнее письмо от А.П. Ермолова, написанное им 24 ноября: «Часто имею об вас, почтенный князь Василий Осипович, известия, расспрашивая проезжающих и живущих здесь, имеющих сношения. Сам давно не писал, не находя приятным уведомление о болезни старика, переступившего уже на половину 80 года. Ноги мои в явном неповиновении, но осталось еще нечто похожее на человека. Простой мужик возвратил зрение глазу, пораженному в нерв ударом, силою удивительного магнетизма. Предо мною была стена, обтянутая черным, и тусклый свет оскорблял больной глаз, теперь не без затруднения, но вот сколько написать мог. Прощайте, любезный князь; будьте здоровы, и желаю вам всего наилучшего. Искренне уважающий