В 1711 г. молдавские и валашские господари выступили против турок в союзе с российским императором Петром I во время его Прутского похода. Как свидетельствует румынский летописец XVII–XVIII вв. И. Некульча, для торжественной встречи императора бояре и почетные горожане и все священнослужители во главе с Молдавским митрополитом Гедеоном за г. Яссы, где с великой радостью поклонились Петру I, воздавая хвалу Богу, что наконец настало время освобождения их от турецкого ига. Однако в ходе этой войны русские войска потерпели поражение, после чего отношения румын и молдаван с Османской империей резко ухудшились. Оказавшись победителями, турки жестоко расправились с беззащитными княжествами. Молдавский господарь Д. Кантемир бежал в Россию, валашский князь св. Константин Брынковяну и три его малолетних сына были привезены в Константинополь и в 1714 г. публично обезглавлены. С 1716 г. князьями и воеводами в Валахию и Молдову стали назначать греков-фанариотов.
Их правление, продолжавшееся более столетия, стало одним из труднейших периодов в истории румынского народа. Покупая себе власть над страной, князья-фанариоты стремились с лихвой возместить понесенные затраты; население подвергалось систематическим поборам, приводившим его к обнищанию; закон был заменен произволом. Стремясь создать взамен павшей Византии своеобразное «греческое царство» из народностей Балканского полуострова, князья-фанариоты старались насадить здесь греческую культуру и подавить национальную. Происходила активная эмиграция греков в Валахию и Молдову.
Начавшийся процесс эллинизации затронул не только государство, но и Православную Церковь. Если прежде зависимость Молдавской и Валашской от Константинопольского Патриархата была номинальной, то теперь архиереями назначали этнических греков, богослужение в городах совершалось на греческом языке и т. п. Низшее духовенство продолжало оставаться национальным, но оно было бесправно, вместе с крестьянством священники должны были нести все государственные повинности, а также платить налоги в казну. Подрывала нормальное течение церковной жизни и развивавшаяся в стране симония. Некоторые епископы-греки, получив назначение на доходное место за деньги, старались возместить свои затраты, направляя на церковные должности всякого, кто мог внести в их казну значительную сумму денег. В результате появилось немало безместных священников, которые бродили по стране, предлагая свои услуги за пропитание и роняя еще ниже и без того невысокий авторитет духовного сана.
Тем не менее во второй половине XVIII в. Валашский митрополит был признан первым по чести среди иерархии Константинопольской Патриархии, а в 1776 г. ему был пожалован сохраняемый до настоящего времени почетный титул Наместника Кесарии Каппадокийской – исторической кафедры, которую возглавлял в IV в. святитель Василий Великий. На это же время приходится деятельность преподобного Паисия Нямецкого (Величковского; 1722–1794), украинца, который признан вторым основателем румынского монашества после святого Никодима Тисманского. В 1992 г. Румынская Церковь причислила преподобного Паисия к лику святых.
В конце XVIII века так называемая группа Объединенных ученых, в которую входили Сумуил Мичу, Георгэ Синчаи и Петру Майор, в своих работах стремилась доказать римское происхождение румынского народа и его языка. К этому времени прежде всего, под влиянием «Объединенных ученых» и их школы мысли, произошло завершение романизации литургической службы.
Этот момент имел особое значение в истории Румынской Церкви, так как церковнославянский язык и Православие являлись в течение семи с лишним веков важными составляющими этнической самобытности румын. В 1813 г. Петру Майор издал первую историю религии румын.
Облегчение положения страдающих от османского ига народов Балканского полуострова принесла Россия. В результате Русско-турецких войн второй половины XVIII в. Россия получила право покровительства православным румынам и молдаванам. Уже первая Русско-турецкая война во времена Екатерины II закончилась в 1774 г. благоприятным для них Кучук-Кайнарждийским договором: всем румынам, действовавшим во время войны против турок, объявлялась амнистия; предоставлялась свобода христианского вероисповедания в пределах Османской империи; конфискованные ранее земли возвращались; господарям Молдавии и Валахии разрешалось иметь в Константинополе своих поверенных православного исповедания. Кроме того, Россия оговорила право покровительствовать княжествам в случае их столкновений с турецкими властями. Последовавшая вскоре вторая война России с Турцией (1787–1791) закончилась Ясским трактатом, которым по отношению к дунайским княжествам подтверждались условия прежнего договора и, кроме того, румынам предоставлялась двухлетняя льгота относительно податей.