Ельцин пробовал «прикрыть» Шеварднадзе. Заставлял абхазского лидера Ардзинбу подписывать новые соглашения о перемирии. В Гудауте, Нижних Эшерах и Сухуме стояли наши части, охранявшие военное имущество, им было приказано соблюдать нейтралитет. Но грузинские войска были таким же «добровольческими» сбродными бандами, как азербайджанские формирования Народного фронта. Разболтанными, рыхлыми. Зато хвастливыми и горделивыми. С абхазами они сами провоцировали столкновения, задирали и русских военных. Хотя здешние воинские части поддерживали с абхазами прекрасные отношения, и когда грузины их обстреливали, появлялся повод нарушить «нейтралитет». Отвечали так, что мало не покажется.
Шеварднадзе пробовал навести порядок, подобно Алиеву, отстранил от должностей командиров воинских формирований, которые привели его к власти — Китовани и Иоселиани. Но тут уж их подчиненные стали бунтовать, выходили из повиновения правительству. А абхазы и их союзники били их. Методично занимали высоты на подступах к Сухуму и обложили город. Грузин зажали в ловушке. В нее попал даже сам Шеварднадзе, очутившийся в это время в Сухуме, а улететь уже стало проблематично — на взлете и посадке абхазы сбивали самолеты из переносных зенитных комплексов. Выручил опять Ельцин. Грузин эвакуировали кораблями российского Черноморского флота. В том числе спасли Шеварднадзе, вывезли в полной сохранности.
27 сентября 1993 г. Сухум был взят. Развивая наступление, абхазы очистили всю территорию своей республики. Противостоять им Грузия уже не могла. Ее воинские формирования развалились. Одни после взбучки расходились по домам. Другие потекли к прежнему президенту Гамсахурдиа, он снова собирал сторонников в Западной Грузии. По республике опять разгорелась гражданская война. В такой обстановке Шеварднадзе стал молить о помощи Москву, вступил в СНГ. Борис Николаевич со своей командой снова спасли его. Нажали на абхазов, чтобы прекратили продвижение. Шеварднадзе смог собрать оставшийся у него отряды против соперника. Их поддержали российские части. Гамсахурдиа быстро разбили, а в конце 1993 г. он погиб (по официальной версии — покончил с собой, по неофициальной — был убит). Наконец-то в Грузии наступило затишье.
Одновременно с Закавказьем конфликт полыхнул и на Северном Кавказе. Когда Дудаев в Чечне отказался подписывать федеральный договор с Россией, ингуши не присоединились к нему, потребовали остаться в составе России. Бывшая Чечено-Ингушская республика разделилась на две. Но со времен депортации ингушей в Великую Отечественную войну и их последующего возвращения в родные места у них накапливались трения с осетинами, занявшими часть их прежних земель. При образовании отдельной Ингушской республики и определении ее границ эта вражда прорвалась. В октябре 1992 г. в Пригородном районе Северной Осетии, где население было смешанным, начались столкновения между осетинами и ингушами. Обе республики кликнули добровольцев, завязались кровавые схватки. Ельцин в данном случае отреагировал своевременно. Ввел в обеих республиках чрезвычайное положение, направил войска, которые разделили враждующих. Военное командование предлагало продолжить операцию, двинуть части чуть дальше и навести порядок в Чечне. Но резко против выступил Гайдар. Убедил Ельцина, что чеченцев задевать нельзя. Эта «мина» под Россией осталась так и не обезвреженной.
Однако самая страшная война разразилась в данное время в Таджикистане. Положение этой республики оказалось особенно шатким и опасным. Президентом здесь стал Рахмон Набиев — ранее он был первым секретарем ЦК компартии республики. Но в перестройку набрали силу и оппозиционные организации, причем совершенно разнородные: Партия исламского возрождения, Демократическая партия Таджикистана, националистическое движение «Растохез». Сыпали нападки на президента, обвиняли в «коммунизме», фальсификации результатов его избрания. А таджики с феодальных времен привыкли жить кланами: «кулябцы», «гиссарцы», «бадахшанцы», «памирцы» и др. «Свои» поддерживали «своих» — это были почти готовые группировки. Ситуация усугублялась тем, что после резни в Душанбе в 1990 г. большинство русских покинуло Таджикистан. Республика лишилась львиной доли врачей, учителей, инженеров, техников, квалифицированных рабочих. Да и военные не горели желанием служить в таджикской армии. Массовый отъезд русских сказался развалом и в экономике, и в социальной сфере, и в общественной жизни.