Вокруг НФТ стали собирать любые группировки и кланы — лишь бы они были противниками ваххабитов. Эти меры, хоть и не сразу, начали приносить плоды. 16 ноября в Худжанде удалось провести «примирительную» сессию Верховного Совета Таджикистана. Она официально приняла отставку Набиева и избрала председателем Верховного Совета Эммомали Рахмонова. Обратилась к Узбекистану, России, Казахстану и Киргизии с просьбами ввести в Таджикистан миротворческие силы. Вновь созданное правительство принялось перетягивать на свою сторону полевых командиров, раздавая им высокие должности.
10 декабря 1992 г. правительственные силы заняли Душанбе. Все активисты оппозиционных партий и движений в подконтрольной зоне были арестованы. Хотя «перестроечная» Демократическая партия объединилась с ваххабитами из Исламской партии возрождения, с националистами из движений «Растохез» и «Лали бадахшон», они составили «Объединенную таджикскую оппозицию», удерживали часть районов и городов. Поддержка им шла из Афганистана. Но на пути стояли наши пограничники — так и оставшиеся на своих заставах, на старой границе СССР. Она была уже не «своя». Но ее продолжали охранять бдительно и стойко. Понимали — для врагов это рубеж на пути к России. Афганские банды и таджикская оппозиция постоянно обстреливали заставы и наряды, нападали на них, силясь открыть свободное сообщение между собой.
Самый серьезный бой разыгрался 13 июля 1993 г. Батальон афганских моджахедов с минометами, пулеметами, гранатометами, переносными ракетными установками атаковал 12-ю заставу Московского погранотряда. На ней находилось 48 человек, принявших неравный бой. Заставу подожгли, воинов становилось все меньше, кончались боеприпасы, но оставшиеся бойцы сумели прорвать окружение. На помощь подоспели резервная группа погранотряда и армейские подразделения 201-й мотострелковой дивизии. Контратаковали и отбили заставу. В ходе боя отдали жизни 22 пограничника и 3 мотострелка. Но расчистить дорогу в Таджикистан моджахеды так и не смогли.