На самом же деле руководство боевиков построило расчеты как раз на том, что русские войска оттянулись на Карамахи, и на границе осталось только прикрытие. Сочли, что для них открылась возможность прорваться вглубь Дагестана. Двинулись уже на другом участке, в Новолакском районе. В пограничном селе Тухчар приняли неравный бой 12 солдат и офицер 22-й бригады внутренних войск. Когда иссякли боеприпасы, четверо сумели спрятаться. Шестерых пойманных бандиты зверски умертвили со съемкой на видео. Их отряды захватили районный центр Новолакское, несколько сел. Но российское командование бросило мобильную группировку наперерез, врагов остановили в 5 км от города Хасавюрта.
Однако и по самой России разразилась целая серия терактов. 31 августа прогремел взрыв в торговом комплексе «Охотный ряд» в центре Москвы. 4 сентября грузовик со взрывчаткой взлетел на воздух возле жилого дома в Буйнакске. Еще один грузовик через два часа обезвредили возле госпиталя. 8 сентября — взрыв жилого дома в Москве на ул. Гурьянова. Рано утром 13 сентября новый взрыв обвалил 8-этажный дом на Каширском шоссе. Хотя уже велись поиски злоумышленников, проверки зданий. Накануне взрыва участковый милиционер заходил в мебельный магазин в погибшем здании на Каширском шоссе. Узнал, что он сдан в аренду под склад некоему Лайпанову, видел там мешки с «сахаром».
В Москве поднялась паника. Люди организовывали круглосуточные дежурства у своих подъездов. Но и правоохранительные органы, столичная администрация провели беспрецедентную работу. Были проверены чердаки, подвалы, нежилые и сдающиеся внаем квартиры с лицами, как тогда говорили, «кавказской национальности». На расследование были брошены все силы оперативников МВД и ФСБ. Фоторобот «Лайпанова» размножили, его опознали. Риелтор сообщил, что этот человек через их фирму снял помещение под еще один «склад сахара». Уже 13 сентября его обнаружили на Борисовских прудах, там нашли 2,5 тонны взрывчатки, 6 часовых устройств. Установили и личность «Лайпанова» — карачаевец Гочиев.
16 сентября в Волгодонске грузовик, наполненный взрывчаткой, обрушил еще один жилой дом. Машину купили якобы под картошку, хозяина просили подежурить в ней, но он ушел домой и уцелел. Сообщил, что покупателями были кавказцы. Всего при терактах погибло 307 человек, 1700 было ранено, искалечено. Следствие установило, что теракты подготовила организация «Исламский институт „Кавказ“» во главе с Хаттабом и Абу Умаром, привлекла для операций в Москве карачаевскую группу ваххабитов Гочиева. Все ее члены были установлены, большинство уничтожено, двое арестованы и осуждены, Деккушев и Крымшахмалов. Восемь участников теракта в Буйнакске попали на скамью подсудимых в полном составе. Все дали показания. Подтвердилось, что они бывали в лагере Хаттаба в Сержень-Юрте, общались с ним и арабом Абу Умаром. Было найдено место производства взрывчатки, в Урус-Мартане на фабрике удобрений. Обнаружено и фото Гочиева вместе с Хаттабом.
Правда, позже была запущена и другая версия. Сотрудник охраны Березовского Литвиненко (в 1998 г. уволенный за злоупотребления из ФСБ) и американский историк, выходец из России, Фельштинский, обвинили в терактах российские спецслужбы. Выпустили в 2002 г. книгу «ФСБ взрывает Россию», где утверждали, что группа Гочиева действительно существовала, но ее направляли с Лубянки и использовали «втемную». Обосновывали, что теракты требовались, дабы оправдать новую войну в Чечне и поднять рейтинг Путина. На столь лакомую версию кинулись было отечественные «правозащитники» во главе с Ковалевым, западные СМИ. Но те и другие вынуждены были признать, что она сомнительна и бездоказательна. Даже такой враг России и Путина как Ковалев разводил руками: «Это чистый вымысел, и ни одной ссылки, заметьте. Так не пишутся серьезные книги, претендующие на достоверность». Ложью назвал ее и журналист либеральной «Новой газеты» В. Измайлов, производивший собственное расследование. К аналогичным выводам пришли эксперты «Би-би-си», британского журнала «Обсервер». Отмечалась явная подтасовка фактов, фальсификация. Да и откуда бы Литвиненко узнал столь «страшные тайны», если в данное время он уже не имел к ФСБ ни малейшего отношения?