Карамзин считал, что, хотя мятежники и не назвали Бориса, “уважая в нём царицына брата”, Годунов затаился для мести, думая, что клеветники готовят ему гибель и для него было крайне важно: “… наказание Ляпуновых, Кикиных и других главных возмутителей Московской черни: их послали в дальние города и заключили в темницы. Народ молчал или славил правосудие Царя; Двор угадывал виновника сей законной строгости и с беспокойством взирал на Бориса, коего решительное владычество открылось не прежде Феодорова Царского венчания, отложенного, ради шестинедельного моления об усопшем Венценосце“. [11] Трудно судить об объективности Карамзина, тем более что тогда ещё правили регенты. Последующие историки, как и Карамзин, тоже были склонны обвинять Годунова в излишнем властолюбии.
После отъезда Нагих в Углич Богдан в Москве, надеясь занять значительное место в Боярской думе. «Дело» Бельского, сильно озадачило новых правителей. Имена Скуратовых-Бельских для большинства бояр в Думе означало лишь ненавистную опричнину. Регентам царя Фёдора Ивановича было важно решить, кого из ближайших людей Ивана IV возможно оставить на службе. Царский оружничий Богдан Бельский не захотел мириться с их решением и не сумел что-либо изменить.
За Бельским сохранили чин оружничего и почётное положение воеводы в Нижнем Новгороде, лежащем на важной дороге в Казань. Борис Годунов выиграл и в этом случае. Ему оставалось только демонстрировать «праведный гнев», слегка наказывая зачинщиков бунта со товарищи, стрелявших по Кремлю, пусть и в защиту самих бояр, которым, в общем то ничто не угрожало. Он не мог не поддержать устранение из царского дворца Нагих вместе с царевичем Дмитрием и других последователей Грозного.
Фёдор оказался неспособным к полноценному управлению страной, и Богдан Бельский, как «дядька» Дмитрия, мог заговорить о правах младшего царевича на престол. Во всяком случае, в 1605 году, при Самозванце85
, он будет всячески прославлять свои услуги, реальные или мнимые, оказанные спасенному царевичу Дмитрию! Из письма от апреля 1584 года Льва Сапеги становится очевидным, что действительно имело место попытка переворота, возможно с сохранением прежнего порядка власти Ивана Грозного («чтобы тот двор и опричнину соблюдал так, как его отец» ). Кроме того, Бельский «хотел возвести на престол младшего царевича» , но ещё при жизни Грозный отказался от опричнины. Одно дело возвести на престол Димитрия, и совсем другое – вернуть опричнину. Звучит сомнительно, что Бельский хотел её возврата.