С марта – апреля 1943 года немцы приступили к систематическому разрушению Святогорского монастыря. По свидетельству священника соседней Кладбищенской церкви И. Д. Дмитриева, несколько раз совершавшего церковные службы и в монастыре, немцы дважды подрывали главную церковь монастыря – Успенский собор, построенный в XVI веке по повелению Ивана Грозного. В результате второго взрыва собор, подле которого находится могила Пушкина, разрушен: колокольня рухнула, большой колокол разбит на мелкие куски, валяющиеся в обломках кирпича по склонам горы, глава соборного купола с крестом сорвана; западная часть купола пробита снарядом, крыша приделов обрушилась. Сожжены и полностью уничтожены Никольская церковь монастыря, трапезная, кельи монахов, монастырская гостиница и др. монастырские сооружения. Ворота монастыря повреждены артиллерийским снарядом, икона западных ворот сорвана. Ряд ценностей монастыря, в том числе особенно чтимая верующими икона Богоматери Одигитрия, похищен немцами.
При отходе из Пушкинских Гор немцы довершили дикий и бессмысленный разгром монастыря. В Успенском соборе и вокруг него все завалено грудами кирпича, железа, разбитыми досками; иконостас сильно поврежден; все иконы из него вырваны и раскиданы по полу; некоторые прострелены. Так, например, прострелен в нескольких местах пулями из ручного оружия с близкого расстояния большой образ апостола Петра, находящийся на дверях паперти. На полу валяются обломки церковной утвари, весь он усеян листами, вырванными из богослужебных церковных книг.
В марте – апреле 1944 года все население было принудительно удалено немцами из Пушкинских Гор. Вместе с остальными был выселен и сторож при могиле Пушкина И. Х. Харитонов. Когда через некоторое время, по его словам, ему удалось получить разрешение на один день побывать в Пушкинских Горах, он увидел, что памятник на могиле Пушкина грубо и наспех обшит досками. Оставлено было только небольшое отверстие (перед урной и надгробной надписью). В то же время, как оказалось, немцы все подготовили для того, чтобы до основания разрушить и могилу поэта и остатки монастыря. Они густо заминировали могилу, монастырь и все подходы к нему. Под дорогу, проходящую вдоль северной стены монастыря, был заложен фугас, взрывом которого была разрушена монастырская стена на протяжении 20 м.
Другой фугас огромной силы был заложен на дорогу с восточной стороны (был прорыт специальный туннель протяжением в 20 метров, тщательно замаскированный, в который было заложено 10 авиабомб по 120 кг каждая); взорвать его немцы не успели. Заминированы были территория монастыря, обе лестницы ведущие к могиле, наконец, сама могила. Мины были подложены за дощатую обшивку памятника с явным расчетом, что, когда памятник станут раскрывать, они взорвутся; положены у мраморной балюстрады площадки и в других местах подле могилы. Саперы обнаружили около могилы 10 противотанковых и несколько противопехотных мин. Всего на территории монастыря и около него было обнаружено и извлечено до трех тысяч мин. Даже вечером 17-го июля у самой стены монастыря, подле дороги были найдены две противотанковые мины. После отхода немцев подступ к могиле и сама могила представляли вид крайнего запустения.
Обе лестницы, ведущие к Успенском собору и могиле, полуразрушены; площадка вокруг могилы завалена мусором, щебнем, обломками досок, кусками листового железа; заросла сорной травой.
Плиты на расположенных подле могилы Пушкина могилах деда и бабки поэта (Осипа Абрамовича и Марии Алексеевны Ганнибал) совершенно засыпаны мусором и землей. Дощечки с надписями сломаны и брошены в груду обломков. Железная решетка вокруг памятника в ряде мест повреждена; металлические наконечники по углам ее сбиты. Мраморная балюстрада вокруг площадки также повреждена в нескольких местах осколками снарядов и пулями.
Дощечка, находившаяся внизу у подхода к могиле с надписью (заключительным четверостишием из «Стансов» Пушкина: «И пусть у гробового входа…»), сорвана и заброшена.
В Пушкинских Горах школа имени Пушкина, превращенная немцами в помещение для жандармерии и тюрьму, разрушена. Разрушены и сожжены и др. общественные здания Пушкинских Гор (больница, электростанция, здание Райисполкома, пожарное депо и др.). Находящаяся в двух километрах от Пушкинских Гор железнодорожная станция Тригорская, через которую шел основной поток экскурсантов, направлявшихся в Пушкинский заповедник, превосходно оборудованная в 1937 году, разорена (двери и окна выломаны, паркет снят, внутри станции была устроена конюшня).
2. Михайловское. Домик няни. Музей Пушкина. Петровское