Избирательный штаб республиканцев фактически возглавил бывший генерал периода Гражданской войны Даниель Сиклс — человек сомнительной репутации, в свое время убивший любовника своей жены, но оправданный судом по причине «временного умопомешательства», которое ни в чем другом не проявилось. Сиклса обвиняли в расхищении государственных средств, однако ни по одному из обвинений дело до суда так и не дошло; он умело выходил сухим из воды. Хейсу явно очень хотелось теперь стать президентом любой ценой, если он доверил руководство своей кампанией такому сомнительному менеджеру. Этот человек счел особенно важным получить большинство голосов в штатах Южная Каролина, Луизиана и Флорида, где черные, в подавляющем большинстве неграмотные и малограмотные, имели теперь право голоса и где они под давлением оккупационных сил, все еще находившихся в этих штатах, должны были проголосовать за республиканского кандидата. Сиклс направил телеграмму местным оккупационным властям этих штатов, требуя обеспечить победу Хейса. Телеграмма была понята правильно. Выборы в названных штатах проводились комиссиями, которые бессовестно их фальсифицировали. Демократы отвечали подобным образом, организуя многочисленные голосования одних и тех же своих сторонников на разных избирательных участках. Кроме того, обе партии использовали, по существу дела, фальшивые бюллетени. Демократы раздавали неграмотным избирателям свои бюллетени, на которых был напечатан портрет Линкольна. Принимая эти бюллетени за республиканские, новые избиратели-негры бросали их в урны. Республиканцы ответили подобным образом: на своих бюллетенях они напечатали портреты Тилдена. Возникла невероятная путаница. Дело дошло до того, что в Южной Каролине, по данным избирательных комиссий, проголосовал 101 % избирателей!
Итоги голосования оказались спорными. Обе стороны уверяли в своей победе, обвиняя противника в фальсификациях. Разобраться в том, кто победил, было почти невозможно. В результате было решено, что все бюллетени из названных трех южных штатов будут доставлены в Вашингтон, где председатель Сената лично их проверит на объединенном заседании обеих палат. Такой подсчет был начат, но почти сразу стало ясно, что конца ему не предвидится. Чуть ли не по каждому случаю возникали споры, и подсчет останавливался.
Возникала опасность, что так будет продолжаться до начала марта, то есть до времени инаугурации, и США останутся без президента вообще. В конце концов был достигнут компромисс. Решением Конгресса была образована Национальная избирательная комиссия в составе 15 человек — по пять представителей от палат и члены Верховного суда. Комиссия большинством в один голос приняла решение признать победу Хейса при негласном условии, что он, став президентом, пойдет на уступки Югу, в частности завершит реконструкцию, выведет федеральные войска из тех штатов, где они еще находились, и примет меры к прокладке трансконтинентальной железной дороги через южные штаты. На этих условиях демократы согласились прекратить начатый ими фактический саботаж работы Конгресса — затягивание прений до бесконечности, которое получило теперь название филибастер (от слова флибустьерство).
Решение Национальной комиссии по выборам о признании Хейса победителем было принято 2 марта, то есть почти накануне инаугурации. Согласно официальному подсчету, Хейс получил меньше голосов избирателей, чем Тилден, но на один голос больше в коллегии выборщиков. Было признано, что за Хейса проголосовали чуть более 4 млн избирателей (около 48 %), а за Тилдена — почти 4,3 млн (50,9 %). В коллегии выборщиков оказалось 185 сторонников Хейса и 184 сторонника Тилдена.
В любом случае теперь была возможность провести инаугурацию нового президента, которая, правда, состоялась не 4, а 5 марта в связи с тем что 4 марта пришлось на воскресенье. В инаугурационной речи Хейс в основном сформулировал условия компромисса, на которые пошли демократы (разумеется, о том, что это компромисс, никаких упоминаний не было). Было одобрительно встречено его заявление, что своей партии лучше всего служит тот деятель, который лучше всего служит своей стране.
Формируя кабинет, Хейс столкнулся с серьезным противодействием в собственной партии, деятели которой требовали назначений на министерские посты. Президент же стремился назначить на наиболее ответственные должности не партийных номинантов, а компетентных специалистов. Особое недовольство в Сенате вызвало назначение на пост секретаря по внутренним делам Карла Шурца, видного сторонника Линкольна, участника революции 1848 г. в Германии, эмигрировавшего в США и принявшего активное участие в Гражданской войне. Хейса обвиняли, что он назначил на министерский пост немца, а не коренного американца. Президент смог отстоять своего назначенца. Несколько легче, но также при сопротивлении Конгресса, государственным секретарем был утвержден Уильям Эвартс, отличавшийся способностями улаживать казавшимися бесконечными споры.