В сентябре 1611 г. эта крепость была блокирована шведскими войсками, в мае 1612 г. ее русский гарнизон был вынужден сдаться (из 1300 её защитников в результате блокады и военных действий уцелели не более 100 человек). После того как крепость Орешек взяли шведы, она стала называться Нотебург. В период Северной войны (1700–1721) в 1702 г. русские войска захватили эту крепость и вернули ее России; в штурме крепости в качестве бомбардирского капитана участвовал царь Петр I. 10 дней русское войско под командованием генерал-фельдмаршала Б.П. Шереметева
бомбардировало крепость, затем ее взяли штурмом. Царь Петр I назвал эту крепость Шлиссельбург («ключ-город»). Это была первая победа России в Северной войне. День этой победы – 11 октября 1702 г. – считают датой основания города Шлиссельбурга. Городу Шлиссельбургу в 2012 г. исполнилось 310 лет. В 1703–1715 гг. по чертежам Петра I в крепости были сооружены 5 земляных бастионов; в 1740–1765 гг. они были перестроены в камне, соединены куртинами, кроме того, был воздвигнут 6-й бастион. В конце XVIII – начале XIX в. Шлиссельбургская крепость утратила свое военное значение. В конце XVIII в. она была перестроена, а в начале XIX в. – разоружена.С начала XVIII в. крепость на о. Ореховом стали использовать как «государеву тюрьму», в нее были отправлены некоторые члены царской семьи, опальные царедворцы. Из этой тюрьмы не возвращались, сбежать из нее никому не удалось. Среди самых знаменитых узников этой тюрьмы в XVIII в. были сестра Петра I царевна Мария Алексеевна (была обвинена в участии в заговоре царевича Алексея, сына Петра I), первая жена Петра I Евдокия Лопухина (содержалась здесь после его смерти по воле Екатерины I). По воле императрицы Анны Иоанновны здесь сидели фактически посадившие ее на русский трон члены Верховного тайного совета и авторы «кондиции» об ограничении царской власти князья братья Долгоруковы и князь Дмитрий Голицын, после смерти Анны Иоанновны здесь держали ее фаворита курляндского герцога Э.И. Бирона. При императрицах Елизавете Петровне и Екатерине II узником этой тюрьмы был свергнутый в младенческом возрасте император Иоанн VI Антонович, который здесь в возрасте 24 лет был убит в результате заговора поручика В.Я. Мировича. В этой крепости-тюрьме в конце XVIII в. были заточены писатель-просветитель Н.И. Новиков, просветитель Ф.В. Кречетов, во второй четверти XIX в. – декабристы Н.А. и М.А. Бестужевы, В.К. Кюхельбекер, И.И. Пущин и др., а еще позже – петрашевцы, революционеры 1860-х гг., народники 1870-х гг., народовольцы. В 1884 г. в специально пристроенном одиночном корпусе здесь содержали известных тогда народовольцев Н.А. Морозова, Г.А. Лопатина, И.Н. Мышкина, В.Н. Фигнер. В конце XIX – начале ХХ в. в крепости-тюрьме были казнены многие революционеры, в том числе теоретик анархизма, один из идеологов революционного народничества М.А. Бакунин, А.И. Ульянов (казнен здесь вместе со своими товарищами, брат В.И. Ульянова-Ленина). Во время революции 1905 г. всех заключенных из тюрьмы выпустили, но после поражения восстания тюрьма снова стала функционировать. В 1907–1917 гг. здесь размещался каторжный централ (тюрьма с особо строгим режимом), куда направлялись особо опасные политические заключенные и уголовники из других тюрем. После февральских событий 1917 г. восставшие рабочие Шлиссельбурга освободили всех узников крепости-тюрьмы (политических и уголовников) и сожгли тюремные корпуса. В 1928 г. Шлиссельбургскую крепость превратили в филиал музея революции в Ленинграде, с 1960-х гг. – это филиал Музея истории Санкт-Петербурга. В период военных действий 1941–1945 гг. защитники крепости выдержали 16-месячную осаду, не дали врагу занять правый берег Невы и ликвидировать Дорогу жизни через Ладожское озеро. Защищавший крепость отряд моряков проявил исключительное мужество. Вынести все это было для защитников крепости чрезвычайно трудно. Ведь собственно город Шлиссельбург был в сентябре 1941 г. оккупирован фашистами; день захвата Шлиссельбурга фашистами – 8 сентября 1941 г. – считают днем начала блокады Ленинграда. Большинство защитников крепости погибли, но фашисты не смогли овладеть ею. Защитники крепости не позволили фашистам замкнуть с востока кольцо блокады Ленинграда. Немногочисленный гарнизон крепости в январе 1943 г. огнем поддерживал советских воинов, штурмовавших Шлиссельбург. Город подвергся очень сильному разрушению при прорыве блокады Ленинграда в январе 1943 г.