Тогда в одной части Кронштадта жили военные, а в другой части – люди, выселенные в него из Петербурга за дурное поведение и неблаговидные поступки. Люди в массе своей были бедными, предавались с отчаяния пьянству, разврату, насилию, воровству (как-то с самого о. Иоанна на окраине города сняли шубу). Отец Иоанн начал борьбу за нравственное оздоровление бедных, обездоленных и часто злых людей. Он посещал убогие жилища, утешал людей, кому-то давал деньги на еду, другим – на одежду, обувь, иные нужды, стремился врачевать их души и тело, нередко отдавал нуждающимся свою одежду и обувь. Он говорил: «Злые люди – больные, а больных нужно жалеть больше, чем здоровых». Люди стали постепенно убеждаться, что рядом с ними оказался редкий праведник. Затем люди стали говорить, что по молитве о. Иоанна Господь творит чудеса. Отец Иоанн много сил отдал созданию в Кронштадте приходских учреждений. Он создал первые в стране Дома трудолюбия, чтобы помочь неимущим, а также ясли, странноприимные и ночлежные дома, другие благотворительные учреждения. Он основал в разных частях России 4 женских монастыря и более 50 подворий, щедро жертвовал средства на создание и украшение храмов.
Отец Иоанн был единственным православным пастырем, которому было разрешено совершать общие проповеди. Ежегодно к нему в Кронштадт приезжали порядка 80 тыс. паломников. В Андреевском соборе собирались до 5–6 тыс. молящихся. Он резко выступал против революционеров, с особой силой обличал их безбожие. Очень сильное влияние на людей оказывали его проповеди, в том числе пророческие проповеди и составленные им молитвы. В одной из проповедей в 1903 г. с амвона он открыто говорил: «Уже близко время, что разделится народ на партии, восстанет брат на брата, сын на отца, отец на сына и прольется много крови на Русской земле. Часть русского народа будет изгнана из пределов России; изгнанники вернутся в свои родные края, но не скоро, своих мест не узнают и не будут знать, где их родные похоронены». В своем предсмертном пророчестве в 1908 г. он писал: «Русский народ и другие населяющие Россию племена глубоко развращены, горнило искушений и бедствий для всех необходимо, и Господь, не хотящий никому погибнуть, всех пережигает в этом горниле».
Иоанн Кронштадтский в 1870-х гг.
Ф.Ф. Беллинсгаузен. С портрета XIX в.