Он написал немало молитв о России. Император Николай II читал эти молитвы до самой смерти. Приводим выдержки из некоторых составленных о. Иоанном молитв. «Господи, спаси народ Русский, Церковь Православную в России погибающей: всюду разврат, всюду неверие, богохульство, безначалие!.. Отче наш, …насади в ней – России – веру истинную, животворную! Да будет она царствующей и господствующей в России, а не уравненной с иноверными исповеданиями и неверными… Да не поколебают Державы Российской инородцы и иноверцы и инославные! Сохрани целостность Державы и Церкви всемогущей Твоею Державою и правдой Твоею! Господи, умиротвори Россию ради Церкви Твоей, ради нищих людей твоих, прекрати мятеж и революцию».
В своих пророчествах он предсказал убийство царской семьи (сделал это до опубликования аналогичного пророчества Серафима Саровского, сделанного в 1890 г.). В Леушинском женском монастыре в Санкт-Петербурге отец Иоанн говорил в начале XX в.: «Кайтесь, кайтесь, приближается ужасное время, столь ужасное, что вы и представить себе не можете!» Отец Иоанн наставлял православных россиян: «Помните, что Отечество земное с его Церковью есть преддверие Отечества небесного, поэтому любите его горячо и будьте готовы душу свою за него положить… Господь вверил нам, русским, великий спасительный талант Православной веры… Восстань же русский человек! Перестань безумствовать! Довольно пить горькую, полную яда чашу – и вам и России».
Отец Иоанн умер в конце 1908 г. по старому стилю и в самом начале 1909 г. по новому стилю. Он прожил 79 с небольшим лет. В 1964 г. Русская православная церковь за границей причислила отца Иоанна к лику святых, в 1990 г. он был канонизирован и Русской православной церковью. Святой Иоанн Кронштадтский почитается как небесный покровитель Санкт-Петербурга и «молитвенник Земли Русской».