Среди заключенных лагеря было много священников и епископов, которым иногда удавалось тайно отслужить литургию и освятить Дары. Потом священники хранили Святые Дары под видом сухариков, многие причащались каждый день. Так поступал и отец Андроник. Однажды тюремщик, напившись допьяна, в каком-то сатанинском озлоблении хотел его убить. Когда отец Андроник понял это, первой мыслью его было — как поступить с Дарами, которые он тайно носил на груди. Он быстро развязал узелок и проглотил Дары. Тюремщик удивился, что арестант решил что-то съесть перед смертью. Он вынул револьвер, направил на старца, выругался и нажал на спусковой крючок. Осечка. «Тебе повезло», — сказал он и со злости бросил револьвер на пол.
Срок заключения отца Андроника истекал 17 июля 1944 года. Однако в это время шла война и освободившихся заключенных с Колымы не отпускали: либо оставляли в лагере, либо определяли на положение ссыльных при тех же лагерях. С отцом Андроником случилось последнее. После освобождения из лагеря его взял к себе в дом начальник лагеря. Там отец Андроник вел хозяйство: готовил обед, стирал, присматривал за детьми, ухаживал за огородом и домашними животными. В семье начальника лагеря его очень полюбили — он им был как родной. Жена начальника расспрашивала его о духовной жизни. Ему даже предоставляли отдельную комнату в доме, но он отказался, несмотря на уговоры, избрал себе местом жительства сарайчик. Там он отгородил от скота небольшое местечко, где и отдыхал, молился. По-видимому, он сильно болел в то время, так как просил начальника в случае его смерти сообщить о ней в Патриархию.
У него было большое усердие, но не человекоугодие. Однажды он повесил иконку Воскресения. Когда начальник стал его за это упрекать, он ответил: «Не нравится — уйду в лагерь», и начальник отступился. В другой раз хозяйка набрала ему стирать ворох белья. Он, монах, все перебрал, отложил в сторону ее нижнее белье: «Это вы постираете сами», остальное унес. Больше она никогда в общую кучу свое белье не складывала.
Тем временем положение Церкви серьезно изменилось. Еще в 1939 году в политике Сталина наметился новый курс: поворот от массированного наступления на Церковь в сторону прагматически-утилитарного подхода к ней. С 1943 года новый курс укрепился. Война повлекла за собой религиозное возрождение в стране. Патриотическая деятельность Церкви, обращение властей в ходе войны от интернационализма к русским национальным патриотическим традициям, стремление нейтрализовать действие фашистской пропаганды, отношения с союзниками, внешнеполитические планы — все это привело к серьезным послаблениям антицерковной политики государства. Правительство разрешило избрать патриарха, возобновить издательскую деятельность, духовное образование, открыть сотни храмов. Церковь сумела выстоять в условиях жесточайших гонений — это стало ясно.
В 1946 году монастырям были возвращены изъятые земли, а в некоторых случаях даже выделены новые из госфонда; им разрешили заниматься промыслами, организовывать мастерские и т. п. Кроме идеологических тому были чисто экономические причины: обителям установили высокие и жесткие обязательства по натуральным поставкам сельхозпродукции. По замыслу советского руководства монастыри должны были кормить разоренную страну.
Все эти монастыри были воссозданы в период войны. Так, в 1942 году была вновь открыта Глинская пустынь.
Ее возобновителем стал прежний настоятель архимандрит Нектарий (Нуждин). После закрытия обители, живя в Путивле, он тайно служил и исповедовал. Ему удалось сохранить незначительную часть имущества монастыря. При первой же возможности он поехал восстанавливать обитель. К тому времени от монастыря осталось лишь шесть полуразрушенных зданий. Имущества не было, кроме сохраненного отцом Нектарием: обитель жила на приношения вновь поступавшей братии и на пожертвования прихожан. Монахи жили в нищете, но истинно подвижнически, отец Нектарий ввел строгий устав, основанный на Афонском. Весть об открытии обители быстро распространилась, начала собираться братия. Особенно стремились в Глинскую пустынь ее бывшие насельники. Среди них были старцы высокодуховной жизни: иеросхимонах Серафим (Амелин), иеросхимонах Никодим (Калиуш), схиигумен Антоний (Ветер) и другие. В 1943 году настоятелем стал отец Серафим (Амелин), духоносный подвижник, ныне прославленный в лике святых. Именно ему обитель обязана своим новым духовным расцветом и внешним благоустройством.
Монастырь обязали платить большие налоги, доходы были невелики, однако он продолжал помогать бедным, жертвовал в Фонд обороны. Несмотря на все трудности, духовная мудрость и молитвы настоятеля быстро умножали братию, влекли в обитель духовно опытных иноков, многие из которых пострадали за Христа в ссылках и лагерях. К 1944 году в Глинскую пустынь вернулось не менее двадцати ее прежних насельников, а к 1953 году — не менее тридцати семи.