С открытия и до 1952 года монастырь жил в крайней нищете. Основной доход шел от продажи свечей и пожертвований прихожан. При этом монастырь платил обременительные налоги, выделял средства бедным, богомольцам, армии. До 1948 года у обители было лишь два здания, позже было позволено занять еще некоторые. Монахи в кельях жили по пять-шесть человек. Из богослужебной утвари у обители было: один потир, одна лжица, одно кадило. Позже пустыни был отведен земельный участок в десять гектаров, после чего братия занялись земледелием, стали держать скот, завели пчел.
Жизнь была подвижническая. В монашество постригали после длительного искуса. В этот период обитель подчинялась новому уставу, отличному от того, что был перед первым закрытием. Строгий устав, также основанный на Афонском, был введен архимандритом Нектарием почти сразу после восстановления обители. По этому уставу утреннее богослужение начиналось в четыре часа утра. Сначала читались утренние молитвы, затем была полунощница и утреня; по 3-й и 6-й песни канона и после кафизм с амвона читались святоотеческие поучения и Пролог; после утрени совершался первый час. Утреня обычно оканчивалась в семь — семь тридцать утра. На утрени молились все насельники; затем все, кроме манатийных монахов, шли на послушания. После утрени был акафист Спасителю перед старинным образом Нерукотворного Спаса (в субботу — акафист Божией Матери). С девяти часов совершалась одна Божественная литургия (в обители был только один престол), затем исполнялись требы. С двенадцати до тринадцати часов был обед, после которого до шестнадцати часов все трудились на послушаниях. С шестнадцати до семнадцати часов — вечерня. Затем был небольшой перерыв, ужин по уставу не полагался. В восемнадцать часов начиналось повечерие, прочитывались каноны Спасителю, Богородице, Ангелу Хранителю и молитвы на сон грядущим. По окончании богослужения братия целовали крест, прощались друг с другом и шли в свои кельи, где исполняли келейное правило, каждому назначаемое старцем, и отдыхали. В воскресные и праздничные дни порядок был несколько иной. Пост был очень строгий, пищу готовили и ели лишь раз в день.
Благодаря мудрому руководству, строгой жизни обитель привлекала истинных подвижников. Отец Нектарий и отец Серафим возродили в монастыре институт старчества. Старцы являлись вдохновителями и руководителями духовной и материальной жизни обители. Все важнейшие вопросы решал совет старцев. Ежедневное откровение помыслов, послушание старцу были нормой жизни для глинских иноков. При этом в обители были старцы подлинно опытные, многие из них прошли через тяжелые испытания лагерей, некоторые обладали явными духовными дарами. Среди замечательных старцев обители кроме настоятеля преподобного Серафима (Амелина) были иеросхимонах Никодим (Калиуш), схиигумен Антоний (Ветер), архимандриты Тихон (Беляев), Артемий (Миньковский), Антоний (Прохода) и другие.
Одним из главных подвигов Глинских старцев были духовное окормление и нравственная поддержка народа. Святость жизни старцев, их молитвы, чудеса и наставления оказывали огромное влияние на духовное воспитание прихожан. Люди стремились в обитель со своими скорбями, болезнями. Каждый в Глинской пустыни получал теплый прием, искреннюю любовь, помощь и утешение. Здесь чувствовалось, что все силы иноков направлены на стяжание Царствия Небесного, этим настроением заражались и богомольцы. «Мы чувствовали себя там как в среде святых и ходили со страхом, как по земле святой», — говорили паломники того времени.
Духовный расцвет обители обусловил и ее материальное благополучие. После тяжелых лет нищеты и лишений начиная с 1953 года в обитель стали поступать щедрые приношения благотворителей со всей страны. Это позволило настоятелю внешне благоустроить обитель: были построены новые здания, пополнена и обновлена ризница, украшен храм, приобретены новые иконы. Увеличилась и денежная помощь богомольцам. При этом жизнь иноков оставалась строго подвижнической и нестяжательной. Некоторые местные жители знали монастырь еще до закрытия, поселились в его корпусах после разгона монахов, а теперь чем могли помогали обители.
После лагерей и неприкаянных скитаний по стране жизнь в обители для отца Андроника была, наверное, словно возвращением потерянного рая. Монастырская скудость и тяжесть подвижнического распорядка, мудро распределенного и ориентированного на молитву, после бездумной мясорубки лагерей едва ли были для него тяжелы. Напротив, он прилагал труды к трудам, радуясь, что Господь сподобил вернуться в родную обитель и служить Ему в ней.