В феврале 1957 года отец Серафим (Амелин) по старости, болезненности и желанию посвятить остаток жизни безмолвию и богомыслию обратился к архиерею с просьбой освободить его от обязанностей настоятеля. В качестве желательного кандидата на свое место он указал на архимандрита Тавриона (Батозского), который некогда был насельником Глинской пустыни, пребывал в послушании у владыки Павлина (Крошечкина), прошел лагеря, а ныне служил в кафедральном соборе Перми. К сожалению, он в обители не задержался. Отец Таврион стал самовластно, не советуясь со старцами и прежним настоятелем, устраивать в жизни монастыря нововведения; кроме того, в его действиях отмечали католический уклон. Он руководствовался иноческой и миссионерской ревностью, однако действовал ни с кем не советуясь, и мира в обители не стало. Это вызвало противодействие старцев, которые вынуждены были обращаться к архиерею. В конфликте принимал участие даже патриарх, к которому ездил отец Серафим (Романцов), прося о смене настоятеля. В итоге 15 января 1958 года архимандрит Таврион был переведен в Почаевскую лавру, а настоятелем Глинской пустыни вновь стал архимандрит Серафим (Амелин).
Об участии в этом отца Андроника известно немного. Он знал отца Тавриона давно: подвизался вместе с ним в обители до ее первого закрытия, вместе с ним находился в послушании у владыки Павлина, собирал подписи при тайных выборах патриарха, сносился с ним, будучи в Перми перед вторым заключением, ездил к нему в Калугу. Он был уважаем отцом Таврионом. «Пусть обращается к брату Андронику, он не хуже меня сумеет ему ответить», — писал отец Таврион в 1930-х годах в Пермь к обращавшемуся к нему по духовным вопросам. «Сам отец Андроник лично просит Вас», — писал он правящему архиерею уже в Глинской, ссылаясь на авторитет старца. Видимо, непосредственно в борьбе с действиями отца Тавриона отец Андроник не участвовал: не ездил в Москву, не был на объединенном собрании Сумского епархиального совета и собора старцев Глинской пустыни, которое было проведено по указанию из Патриархии в связи с проблемами обители. Скорее всего, он уклонялся от участия в этом конфликте. Сам он говорил: «Отец Таврион с неба свалился, а жизнь сейчас другая». Однако нестроения в родной обители не могли не трогать старца.
Не исключено, что с этими событиями в той или иной мере связано решение отца Андроника оставить должность благочинного. 4 августа 1957 года он пишет епископу Евстратию прошение об освобождении его от этой должности: «Я стал совсем слаб, и притом я несу послушание ризничего… В связи моего благочиния я не могу вовремя посещать службу церковную, опаздываю или вовсе пропускаю за работой, которая у меня на совести. Знал бы я одну ризницу, церковь и келейку свою и в ней имел бы возможность совершать свое келейное правило схимническое, о чем слезно прошу Вашего архипастырского благословения». Владыка воспринял эту просьбу с прискорбием, о чем написал настоятелю отцу Тавриону и самому отцу Андронику. Он попросил отца Андроника продолжать выполнять свое послушание благочинного, поручая настоятелю временно, до выздоровления отца Андроника, возложить обязанности благочинного на какого-либо другого опытного иеромонаха. Однако в июне 1958 года прошение повторилось и благочинным стал игумен Феоген (Таран), вскоре назначенный новым настоятелем Глинской пустыни.
Тем временем политика государства резко изменилась. В 1953 году умер И.В.Сталин, к власти пришел Н.С.Хрущев. С 1958 года начался новый период гонений, руководство СССР попыталось радикально, в кратчайшие сроки «решить религиозную проблему» в стране. К причинам этого относятся и уверенность советского руководства и значительной доли интеллигенции в скором построении коммунизма, который исключал всякую религию, и равнодушное отношение к вере немалой части населения, и экономические проблемы, вызывавшие стремление властей вновь поживиться за счет Церкви, и личное отношение к Церкви Хрущева и его сторонников. Одной из главных причин было русское религиозное возрождение, начавшееся в стране в середине 1950-х годов, и тревога руководства страны в этой связи.
Антирелигиозная кампания началась с гонений на монастыри, сохранявшие свое чрезвычайно высокое духовное значение. Монастыри стали лишать земли, закрывать. Кроме того, произошло увеличение налогов, чистка церковных библиотек; вновь стали закрывать храмы; ужесточился контроль над поступающими в духовные учебные заведения, которых становилось все меньше; усилилась атеистическая пропаганда, священников заставляли отрекаться от сана путем шантажа, подкупа, угроз.