В заключение попутно заметим, что жизнь самого владыки была нелегкой. Консервативные деятели Русской Церкви ставили в вину митрополиту
Увы, Господь отмерил ему слишком короткую жизнь. Владыка страдал тяжелым сердечным недугом и перенес за свою жизнь целых пять (!) тяжелых инфарктов. Повинуясь строжайшему лечебному режиму, он сразу же после первого инфаркта попросил соорудить ему в келии престол, где он начинал каждый день с совершения Божественной литургии. (Рассказывают, что владыка делал ее даже на одре болезни и скорби — лежа). Именно после перенесенного очередного инфаркта митрополит Никодим подал прошение Патриарху и Священному Синоду об освобождении его от должности Председателя Отдела внешних церковных сношений, которое было удовлетворено.
Жизнь митрополита Никодима оборвалась 5 сентября 1978 г. в результате сердечного приступа, прямо на аудиенции у Папы в Ватикане, что породило конспирологические версии случившегося. Будто русский митрополит был отравлен ядом в поднесенном напитке, предназначенном понтифику Иоанну Павлу I (эта версия аргументируется смертью самого понтифика через три недели от инфаркта миокарда) и, якобы, в смерти владыки были заинтересованы спецслужбы Советского Союза.
Многие представители Русской Церкви недоумевали тем, где и как произошла смерть, игнорируя то факт, что владыка перенес пять инфарктов. Так, один из архиепископов (Василий Кривошеин) писал в своих воспоминаниях:
Конечно, «папский вектор» во внешней политике СССР, действительно, был исключительно важен. Речь идет о моральном влиянии Папы в католическом мире, так что принижать роль папского престола не стоит, несмотря на известную реплику Сталина. Согласно ей, на просьбу министра иностранных дел Франции Пьера Лаваля улучшить положение католиков в СССР, чтобы не ссориться с могущественным Папой Римским, Сталин поинтересовался:
В оные времена Святой престол, с которым Советский Союз не имел дипломатических отношений, считался в Москве одним из центров глобального «антисоветского влияния». И именно КГБ «очень ходатайствовал» о назначении владыки Никодима на должность председателя Отдела внешних церковных связей и рекомендовать его кандидатуру для участия в деятельности Всемирного совета мира, Советского комитета защиты мира и т. д. Существует мнение, однако, что Никодим, осознанно идя на контакт с советскими спецслужбами (он, к удивлению некоторых, даже подписал проект письма, осуждавшего «клеветническую деятельность» Солженицына), стремился сопротивляться планам государства по превращению Церкви в орудие распространения коммунистической идеологии.