Палеоклиматические исследования показывают, что природная среда как Северной, так и Южной Америки начиная с конца плейстоцена претерпела столь же серьезные изменения, как и в других районах мира. Формирование современных природных условий началось здесь в IX–VIII (VIII–VII) тысячелетиях до н. э., причем в среднем голоцене (VII — первая половина V [VI–V] тысячелетия до н. э.) в Андах отмечался влажный период [651, с. 124–140; 769, с. 18; 782, с. 44]. К началу голоцена вымерли многие важные для первобытных охотникоз дикие животные: лошади, антилопы, крупные кролики и лисицы: в Центральной Америке [576, с. 140–144] и ленивцы, лошади и некоторые виды оленей в Андах [768, с. 33–36]. Приспосабливаясь к новым условиям, люди стали все больше внимания уделять собирательству и рыболовству [1029, с. 72, 73; 447, с. 182–229; 788, с. 18–29]. В итоге в некоторых местах возникло примитивное земледелие, а на его основе и доместикация животных. Однако благоприятный биологический фон для последней имелся далеко не везде. Из-за его отсутствия в Мезоамерике в доколумбову эпоху скотоводства не знали. Единственным важным первичным очагом скотоводства стали Анды, где были одомашнены гуанако и морские свинки.
Вплоть до недавнего времени археологические работы в Андах почти не велись, а относительно хорошая изученность — прибрежных районов Перу создавала иллюзию того, что земледелие появилось здесь самостоятельно на базе рыболовства и морского промысла. Первыми отказались от этой идеи ботаники, показавшие, что древнейшие культурные растения попали на побережье из предгорий и горных районов [56, с. 287–289; 874, с. 54–58; 941, с. 253]. В горах локализуется и ареал диких гуанако, от которых произошли домашние ламы и альпака. Любопытно, что именно в горах Центрального и Южного Перу, Юго-Западной Боливии и Северного Чили предположительная область доместикации растений совпадает с районом обитания диких гуанако. Эти животные пасутся стадами по нескольку особей: обычное стадо состоит из самца, 5–6 самок и нескольких детенышей, но порой встречаются и более крупные стада (до 100 особей). Гуанако хорошо переносят разные природные условия: они встречаются и на пустынных низменностях и высоко в горах, достигая отметки 4000 м. Их образ жизни отличается ярко выраженной сезонностью: они проводят лето в горных долинах, а зиму в низменных районах, где местоположение их пастбищ определяется близостью водных источников. Поскольку разные экологические ниши располагаются в Андах недалеко друг от друга, то эти миграции, как правило, очень недалекие [337, с. 295–298; 648, с. 256, 257]. В доколумбову эпоху охота на гуанако была главным источником мясной пищи для населения Аргентины и Чили, которое ко времени появления европейцев умело приручать их и практиковало охоту с манщиком [265, с. 53, 54]. Однако одомашнивание гуанако совершилось только в Андах, в районах возникновения древнейшего земледелия, как показывают исследования последних лет.