Но тут произошло то, что Аввакум впоследствии вспоминал как самое настоящее чудо. «Бысть же я в третий день приалчен, — сиречь есть захотел, — и после вечерни ста предо мною, не вем — ангел, не вем — человек, и по се время не знаю, токмо в потемках молитву сотворил и, взяв меня за плечо, с чепью к лавке привел и посадил и лошку в руки дал и хлебца немношко и штец дал похлебать, — зело прикусны, хороши! — и рекл мне: “полно, довлеет ти ко укреплению!” Да и не стало ево. Двери не отворялись, а ево не стало! Дивно только — человек; а что же ангел? ино нечему дивитца — везде не загорожено».
На следующее утро архимандрит с братиею пришли к Аввакуму и вывели его на улицу. «Журят мне, что патриарху не покорился, а я от Писания ево браню да лаю. Сняли большую чепь да малую наложили. Отдали чернцу под начал, велели волочить в церковь. У церкви за волосы дерут, и под бока толкают, и за чепь торгают, и в глаза плюют».
Однако мучения и издевательства не сломили железную волю протопопа. Он принимает посланные ему испытания с поистине христианским смирением, молясь за своих обидчиков. «Бог их простит в сий век и в будущий: не их то дело, но сатаны лукаваго».Во время заточения протопопа Аввакума в Андроньевом монастыре произошло ещё одно чудо:
«Тут же в церкве у них был наш брат подначалной ис Хамовников, пьянъства ради предан бесом, и гараздо бесился, томим от бесов. Аз же зъжалихся, грешной, об нем: в обедню, стоя на чепи, Христа-света и пречистую Богородицу помолил, чтоб ево избавили от бесов. Господь же ево, беднова, и простил: бесов отгнал. Он же целоумен стал, заплакав и ко мне поклонился до земли; я ему заказал, чтоб про меня не сказал никому; людие же не догадалися о сем, учали звонить и молебен петь»
.Через десять дней после ареста Аввакума привели на допрос в Патриарший приказ. Вели его пешком, «за рукава, снемши с рук, яко разбойника»
. На допросе его спрашивали о челобитной в защиту Иоанна Неронова и о «сушильном всенощном бдении». Аввакум отвечал: «У Казанской глава был Иван; и свиньи те, которые разоряют благочестие и подали на него челобитную патриарху». Патриарший архидиакон Григорий долго спорил с Аввакумом и, наконец, выругав его «матерны», велел отвести обратно в Андроньев монастырь.Между тем началась расправа и над другими неугодными Никону боголюбцами. Протопопа Даниила Костромского Никон лично мучил в Чудовом монастыре, затем расстриг и сослал в Астрахань, где тот был уморен в земляной тюрьме. Другой Даниил, темниковский протопоп, был заточён в Новоспасском монастыре. Семен Бебехов, переписывавший челобитную Аввакума и Даниила за Неронова, посажен на цепь на Патриаршем дворе. Были арестованы соловецкий инок Герасим Фирсов, протопоп Михаил Рогов (составитель «Кирилловой книги»), нижегородский протопоп Гавриил (впоследствии казнён), поп Михаил из Богородичного монастыря в Москве (погиб безвестно), запрещён в служении и сослан в Ярославский монастырь священник Ермил, друг Неронова и Аввакума протопоп Семён Трофимов бежал, священник Лазарь скрывался у игумена Никанора в Саввино-Сторожевском монастыре, но был схвачен и сослан в Тобольск. В ссылки было отправлено более десяти протопопов — лидеров движения боголюбцев. Не подвергся репрессиям один лишь протопоп Стефан Внифантьев, который всё ещё продолжал оставаться духовником царя и не решался просить за своих друзей по кружку ревнителей благочестия — по выражению Аввакума, «всяко ослабел».