Возможно, царь Алексей Михайлович, симпатизировавший Аввакуму, пытался смягчить его будущее пребывание в Сибири. В указной грамоте, посланной архиепископу Сибирскому и Тобольскому Симеону, подчёркивалось, что
17 сентября подводы с «ссыльными людьми», сопровождаемые сибирскими казаками, отправились в долгое путешествие, продолжавшееся тринадцать недель…
Устранив наиболее активных противников, Никон решил созвать собор для узаконения своих беззаконий. Собор состоялся в Москве в следующем, 1654 году (начался 27 февраля, закончился 2 мая). Председательствовали на соборе царь и патриарх. Среди участников было пять митрополитов: Макарий Новгородский, Корнилий Казанский, Иона Ростовский, Сильвестр Крутицкий, Михаил Сербский; четыре архиепископа: Маркел Вологодский, Софроний Суздальский, Мисаил Рязанский, Макарий Псковский; один епископ — Павел Коломенский; 11 архимандритов и игуменов, 13 протопопов, несколько приближённых царя. Кандидатуры участников собора были самым тщательным образом подобраны патриархом и царём, что дало повод отцу Иоанну Неронову назвать собор «соньмищем иудейским». Постановления собора предрешались уже самим способом принятия решения: первым голос подавал царь Алексей Михайлович…Однако, несмотря на тщательный подбор «кадров», проводившийся царём и патриархом перед началом собора, всё же нашлись недовольные, а один из епископов, причём Никоном же и рукоположённый, открыто выступил в защиту старых книг. Это был представитель кружка боголюбцев епископ Павел Коломенский, который стал первой жертвой гордого и властолюбивого патриарха.
Пытаясь «вразумить» непокорного епископа и обосновать необходимость книжной «справы», Никон заявил, что речь-де идет совсем не о новой вере, а лишь о некоторых «исправлениях» и что
Это привело Никона в ярость. Он собственноручно избил епископа Павла на соборе, сорвал с него мантию, без соборного суда лишил епископской кафедры и велел немедленно отправить в ссылку в далёкий северный монастырь.