Защитив докторскую диссертацию по истории советского общества 50–60 годов прошлого века, он стал признанным специалистом именно по советскому периоду. Никто не подозревал, что через некоторое время Пыжиков зайдет на совершенно несвойственную, казалось бы, ему поляну истории романовской России и предложит концепцию, подрывающую основы официальной истории. У официальной науки возникло огромное искушение отнести труды Пыжикова к «паранауке», записать в один ряд с «Фоменко и Носовским», которые специально и нужны официальной науке для того, чтоб ничего не менять у себя, а всякого новатора тут же обклеивать ярлыками «фоменковщины» и числить его по ведомству «конспирологии». А
ведь таких историков-дилетантов и жуликов в последние десятилетия в России стало действительно очень много… Но докторская степень Пыжикова, его научная школа, профессионализм, работа с огромным количеством источников, архивами и так далее не позволяют самым консервативным официальным историкам пренебречь трудами Александра Владимировича и, хотят консерваторы или не хотят, но они вынуждены считаться с его работами. Российская историческая наука после Пыжикова навсегда утратила шансы остаться такой, какой она была до него.Книги Пыжикова «Грани русского раскола. Тайная роль старообрядчества от 17 века до 17 года»[6]
, «Славянский разлом. Украинско-польское иго в России»[7] и другие его работы восполняют гигантский пробел, который был в российской исторической науке, связанной с изучением старообрядчества. Нельзя сказать, что старообрядчество вообще никак не изучалось. Конечно же, изучалось. Изучались также и различные секты и так далее, но упор был на определенную источниковедческую базу, на официальные цифры, на официальные трактовки, и роль старообрядчества в России, безусловно, принижалась.В работе Н. А. Бердяева «Истоки и смысл русского коммунизма»[8]
дается краткий намек на роль старообрядчества в Русской революции. Эти несколько страниц Бердяева превратились у Пыжикова в полноценные огромные монографии и, по сути дела, в новую историческую концепцию России.Пыжиков в евразийском духе, то есть в духе Н. С. Трубецкого, П. Н. Савицкого, Л. Н. Гумилёва и других евразийцев, отрицает наличие татаромонгольского ига на Руси и говорит собственно о том, что в средневековой России сложился довольно уникальный межнациональный и новый конгломерат, новый народ, который имел свой культурный код, свою историю, свою религию, быт, который в значительной степени определялся ещё и древними традиционными верованиями. В
случае славянских народов это были древние индоевропейские обычаи и концепции бытия, которые в виде двоеверия соседствовали с православием. А у других неславянских народов, у финно-угорских и тюркских, подобную же роль играли их древние обычаи, которые, учитывая, что народы долго, в течение тысячелетий, вместе проживали на этой земле, были похожи, сходились где-то далеко в корнях, а потому не противоречили друг другу. И в этом смысле эта общность в течение столетий и даже тысячелетий вырастала, поддерживалась и крепла.С точки зрения Пыжикова важнейшим событием в истории России была русская Смута, в ходе которой извечное стремление Ватикана, католиков, к порабощению России нашло своё воплощение.
Согласно Пыжикову, идеи «Москвы – третьего Рима» были предложены в своё время Ивану Великому Ватиканом, но через прокладку в виде афонских православных старцев и местных российских иноков, коим с Афона идеи и были закинуты. С этой же целью был произведен его династический брак с Софьей Палеолог, которая воспитывалась в Ватикане и, соответственно, была под ватиканским влиянием. Таким образом Ватикан планировал столкнуть Россию с Турцией, которая на тот момент была главной угрозой и даже кошмаром Европы. С такой Турцией Европа рисковала не справиться, поэтому Россия в качестве тарана против Турции рассматривалась Европой с одной стороны, а с другой стороны – война между Россией и Турцией могла ослабить и Россию настолько, что католическое влияние в ней имело все шансы на закрепление и позже на успех. Таким образом, крестовый поход на Русь, который был сорван Александром Невским, а потом и монгольским вторжением, монгольским протекторатом над Русью, мог повториться с новой силой.