Молчание церковной власти порождало подчас открытые протесты и вызвало к жизни движение религиозных диссидентов. Так, в ноябре 1965 года был отправлен на покой архиепископ Калужский Ермоген (Голубев, 1896–1978) после осуждения им закрытия Советской властью церквей и вмешательства государства в дела Церкви, изложенного в 1961 году в письме на имя Н. С. Хрущева, а в 1965 году – в заявлении на имя Патриарха, поддержанном девятью архиереями, с требованием отказа от реформы приходского управления. По рукам в «самиздате» ходила книга священника Сергия Желудкова «Почему и я – христианин?», статьи А. Левитина-Краснова, листовки религиозного содержания. Власти выслеживали и преследовали подпольные группы, занимавшиеся изданием религиозной литературы, молитвенников и церковных календарей. В конце 1965 года два московских священника Николай Эшлиман и Глеб Якунин направили в адрес Патриарха и светских властей письма с протестом против преследования Церкви.
Не замечать неблагополучие внутри Церкви, возникшее из-за неравноправных отношений Церкви и государства, было невозможно. Но отношение к разрешению этого неблагополучия различалось в церковных кругах. Один из наиболее авторитетных московских священников – вернувшийся после войны в СССР из эмиграции протоиерей Всеволод Шпиллер (1902–1984) стремился раскрыть за внешними проявлениями конфликта его внутреннюю сущность. В частности, он отмечал, что внутри самой Церкви подчас утеряно понимание ее не только как «правовб организованного общества», но и «учреждения особой юридической природы». Даже у части епископата отсутствует понимание «двух правопорядков» – государственного и церковного, ибо Церковь бесспорно обладает «в своей сакраментальной сущности также и правовым, юридическим содержанием не в условном, а в собственном смысле слова». «В устройстве и управлении Церкви не может быть ничего противоречащего законам страны, это само собой разумеется, – писал протоиерей Всеволод митрополиту Никодиму (Ротову) в марте 1966 года. – Но гражданский закон не может быть каноническим основанием церковного устройства, да еще в стране, где по конституции Церковь отделена от государства. Это тоже не менее ясно. Между тем Синод объявляет гражданский, государственный закон основанием радикальнейшей канонической перестройки…», и «важнейшая область безусловно внутренней жизни Церкви в сущности оказывается изъятой из компетенции Ее священноначалия» (213, с. 248, 252, 256–257).
Между тем после реализации решений Архиерейского Собора 1961 года каждый церковный приход оказался перед опасностью его секуляризации – ведь настоятель храма был выведен из состава церковной общины и сделан наемным служащим. На Западе даже заговорили о противостоянии «подлинной катакомбной Церкви» и «анти-Церкви», представленной всей видимой реальностью Московской Патриархии.
Возражая такого рода мнениям, протоиерей Всеволод Шпиллер писал архиепископу Брюссельскому и Бельгийскому Василию (Кривошеину): то, что видно в церковной жизни СССР, «не делая меня чрезмерным оптимистом, не дает основания быть и чрезмерным пессимистом». А в письме к Патриарху Болгарскому Кириллу в своих рассуждениях он опирался на многовековой опыт Христианской Церкви: «Все процессы становления в Церкви, чего бы то ни было нового в Ее жизни, всегда сопровождались страшными трудностями… Однако всегда все трудности в конце концов преодолевались при помощи Божией. На этом основывается и наша полная уверенность в том, что теперешние трудности повсюду, во всем христианском мире будут преодолены. И то же в нашей Русской Церкви, под омофором Святейшего Патриарха Алексия, вовсе не стоящей в “мертвой неподвижности” – как это кажется некоторым поверхностным наблюдателям – некоего “духовного окостенения в верности одному лишь внешнему обряду”, но, напротив, живущей – я даже не скажу: только интенсивной, а скажу – трепещущей Духом жизнью, наполненной глубочайшим, чисто православным новым религиозным опытом сегодняшнего дня» (213, с. 292, 329–330).
Видимым вразумлением Божиим для православной России стало чудо: Зоино стояние в Куйбышеве (Самаре) в 1956 году. Работница трубного завода Зоя во время рождественского поста устроила дома вечернику. Ее жених Николай запаздывал, а ей хотелось танцевать. Тогда она сняла со стены икону святителя Николая и с нею пошла по кругу. На третьем круге в комнате возник вихрь, сверкнул ослепительный свет и Зоя застыла с прижатой к груди иконой. Она окаменела, и все попытки сдвинуть ее с места или привести в чувство оказались напрасными. Весть о чуде разнеслась по городу, и народ повалил посмотреть Зоино стояние. Многие поспешили креститься, крещеные надели крестик на шею. Вскоре городские власти выставили милицейский пост и отрицали чудо. Зоя простояла 128 дней – до Пасхи, после чего стала оживать и всех просила молиться о мире, гибнущем в грехах (90, с. 21–23).