На проведенном в апреле 1960 года новым главой Совета по делам РПЦ В. А. Куроедовым всесоюзном совещании уполномоченных Совета было заявлено об ошибочности проводимой ранее государством «политической и тактической линии» в отношении Церкви, приведшей к укреплению в СССР религии, и решительном отказе от такой «линии» (129, т. 1, с. 689). В январе 1961 года Совет министров СССР принял постановление «Об усилении контроля за деятельностью церкви». В нем предусматривалось отстранение духовенства от административных и финансово-хозяйственных дел, ликвидация льгот священнослужителей в отношении подоходного налога и другие положения того же рода. Смысл новой политики власти состоял не только во всемерном ослаблении Церкви, но и в прекращении ее влияния на общество: предусматривалось «перекрытие всех каналов благотворительной деятельности Церкви» и «ограждение детей от влияния религии» (см. 198, с. 114–115). Опять закрывались церкви (под предлогом «укрупнения приходов»), прекращали свою деятельность монастыри, затруднялось получение церковного образования. Духовная школа в те годы, по воспоминаниям митрополита Кирилла (Гундяева), «представляла собой грустное явление» (200, с. 258). Вводился фактический запрет на проповеди священников.
Под прямым давлением власти Русская Церковь была вынуждена принять тяжелое решение об изменениях в приходской жизни. Это решение Священного Синода, а затем и Архиерейского Собора 1961 года, подобно Декларации митрополита Сергия 1927 года, вызвало недоумение и возмущение в церковной среде.
В то же время Патриарх Алексий, сам будучи верным ревнителем традиций русской церковной жизни и благочестия, стремился сохранить этот надежный оплот церковности. Изустно передавали такое его наставление: «Пусть все кругом меняется – мы должны остаться такими, какими были сотни лет назад. Пусть наша неизменяемость, неподчиняемость духу времени символизирует вечность Церкви. Нам радостно видеть, что нас и ныне окружает то же самое в церкви, что мы видели с детских лет, чем жили отцы, деды и прадеды. Нам должно научиться хранить прошлое вопреки настоящему. В этом наша сила, в этом наша правда» (цит. по: 198, с. 331). Можно добавить: это единственное, что было оставлено Церкви. Из-за тотального контроля государства над всеми сферами церковной жизни сама эта жизнь почти замерла.
И в этом видится еще одна трагическая сторона деятельности Патриарха Алексия I. В 1920-е годы он пережил аресты, ссылку, вынужденный компромисс с властью (он отменил в 1923 году отлучения от Церкви лидеров обновленческого движения отца Александра Введенского и отца Владимира Красницкого, что усилило их позиции в борьбе за раскол Русской Церкви), страх за судьбу близких и духовенства. В 1940-1950-е годы искренние надежды на церковное возрождение сменились осознанием усиления зависимости Церкви от государства. Искренний почитатель митрополита Филарета (Дроздова), Патриарх Алексий не мог не сознавать, что гнет «советских обер-прокуроров» покруче, чем царских обер-прокуроров Нечаева и Протасова. Но, по воспоминаниям митрополита Питирима (Нечаева), он «был очень спокоен внутренне, несмотря на все сложности…» (118, с. 279).
В те же годы Патриарх принимал твердые меры прещения в отношении изменников веры, агентов власти внутри Церкви. В декабре 1959 года Священный Синод изверг из сана около 200 священнослужителей, отступивших от Православия, а мирян отлучил от Церкви (198, с. 688). В их числе были профессор Ленинградской духовной академии протоиерей Александр Осипов, преподаватель Саратовской семинарии священник Евграф Дулуман и менее известные, выступившие в советской печати с резкими антицерковными заявлениями и ставшие лекторами «по вопросам религии».
Ответом на этот удар по Церкви стало стихотворение анонимного автора «Новый Иуда», распространявшееся в рукописном виде среди учащихся семинарий: