Внутри церкви вызревало течение, желающее открыто противостоять новой волне государственного атеизма. Патриарх Алексий I, лишенный свободы слова, 9 июня 1961 года прямо говорил на заседании государственного Совета по делам РПЦ, что «на него плохо смотрят верующие и духовенство, считают, что Патриарх потерял своим бездействием авторитет в глазах верующих и духовенства и не пользуется уважением в глазах советских властей, правительства, которое не хочет его принять» (цит. по: 206, с. 269).
Между тем в недрах режима вызревало намерение вернуться к более жесткой линии в отношении Церкви. После вооруженного подавления народного возмущения в Новочеркасске, 19 июля 1962 года Президиум ЦК КПСС принял секретное постановление об усилении борьбы с инакомыслием в стране. К постановлению был приложен проект приказа председателя КГБ А. Н. Шелепина, содержащий пункты с воинствующе антицерковным содержанием: «Решительно повысить уровень агентурно-оперативной работы по пресечению враждебных проявлений со стороны церковников и сектантов, обратив особое внимание на быстрейшую парализацию деятельности нелегальных групп и общин. В отношении руководителей и организаторов церковных и сектантских формирований осуществлять активные чекистские мероприятия, которые позволили бы в ближайшее время полностью разоблачить проводимую ими антисоветскую работу, а злостных из них в соответствии с законом привлечь к уголовной ответственности» (цит. по: 119, с. 244).
Возврата к открытым репрессиям не произошло в силу прагматичности «революционного романтика». Хрущев оказался крайне заинтересованным в развитии связей с Италией и установлении дипломатических отношений с Ватиканом. Среди орудий для достижения этих целей он увидел Русскую Церковь, и это привело в конечном счете наших наблюдателей на Второй Ватиканский Собор в октябре 1962 года. В который раз властью был отброшен тезис об отделении Церкви от государства. В данном случае, отмечает О.Ю. Васильева, «в свою тайную дипломатию государство ввергло и Русскую Православную Церковь, навязав ей присутствие на Католическом Соборе, не считаясь ни с догматическими расхождениями между Православием и Католицизмом, ни с прозелитическими притязаниями Ватикана и ответными действиями православного мира» (27, с. 123).
Впрочем, это не повлияло на богоборческий характер власти. В июне 1963 года на пленуме ЦК КПСС секретарь ЦК по идеологии Л. Ф. Ильичев, в частности, заявил: «Религия – главный противник научного мировоззрения внутри страны, один из самых цепких пережитков прошлого, от которого не освободились еще значительные слои населения» (цит. по: 27, с. 272). Свобода совести в 1960-1970-е годы оставалась экспортным продуктом в СССР.
Русская Церковь смогла выстоять в годы хрущевского произвола, но, безусловно, сильно ослабела в кадровом составе и во влиянии на общество. Уровень подготовки духовенства понизился, достижения отечественной церковной науки были забыты, приходская жизнь была сведена к более или менее регулярным богослужениям, миссионерская, просветительская и благотворительная деятельность священников и верующих была запрещена. Силой государства Русская Церковь оказалась вытеснена на «обочину» общественной жизни, усилиями власти ее пытались превратить в полумаргинальное явление. Одним из следствий этого в духовной жизни стало расширение явления сектантства и различных мистических увлечений.
В то же время Церковь оставалась живым организмом, в силу своей природы не способным к окаменению.
В начале 1960-х годов возникает церковное диссидентство. Это уже не сторонники «катакомбной Церкви», возникшей в 1920-е из-за нежелания пойти на признание Советской власти, а вчерашние комсомольцы, вдруг открывшие для себя свет Евангельского слова. Это привело, например, к возникновению в 1964 году в среде студентов и преподавателей Ленинградского университета Всероссийского социал-христианского союза освобождения народа (И. Огурцов и Е. Ванин), просуществовавшего три года; к открытой миссии молодых священников Дмитрия Дудко (1924–2004) и Александра Меня (1935–1990), проводивших пастырские беседы, пользовавшиеся особой популярностью у молодежи и интеллигенции, но подвергавшихся репрессиям властей. Стоит заметить, что такие разные люди, как протоиерей Всеволод Шпиллер и протоиерей Александр Шмеман, разделяли «более чем критическое отношение» к деятельности этих священников. Так, отец Всеволод находил отца А. Меня «умным, интересным и давным-давно сделал бы его протопресвитером, но только еврейской автокефальной церкви в Тель-Авиве» (213, с. 511, 517).