Русская православная церковь сразу выразила сомнение в достоверности найденных и якобы точно на научном уровне определенных останков членов Царской семьи. В издании «Царь-колокол» была опубликована статья «Подлог». Когда Правительство России собралось перезахоронить останки Романовых и объявило об этом в 1994 г., Русская православная церковь потребовала серьезных и полных доказательств подлинности останков. РПЦ во главе с патриархом Алексием II отказалась дать благословение на перезахоронение останков, пока не будут получены все доказательства их подлинности. Правительство России в 1998 г. официально сообщило, что останки Романовых будут захоронены в Санкт-Петербурге в Екатерининском приделе собора Петра и Павла. В официальном обращении РПЦ в связи с этим говорилось: «Решение об идентификации останков как принадлежащих семье императора Николая II вызывает серьезные сомнения и даже конфронтацию в Церкви и обществе. В этой связи Священный Синод считает, что эти останки следует похоронить немедленно во временной символической могиле. Окончательное решение о месте их захоронения может быть принято лишь тогда, когда отпадут все сомнения в подлинности екатеринбургских останков».
Следователь Н.А. Соколов ведет раскопки под Екатеринбургом. 1919 г.