Государственные мужи, депутаты, чиновники поверили в достоверность выводов государственной комиссии по идентификации найденных останков под Екатеринбургом, правительством России решение о захоронении останков Романовых в Санкт-Петербурге было окончательно намечено. Это перезахоронение оценивали как акт народного покаяния и публичного признания злодеяния убийства Царской семьи и их верных слуг. На эту погребальную церемонию были приглашены около 150 представителей крупнейших королевских домов Европы, многие главы государств, члены династии Романовых. Иерархи РПЦ сообщили о своей невозможности участвовать в этой церемонии. Патриарх Алексий II в своем официальном «Заявлении» высказал окончательное мнение о найденных останках и их намеченном захоронении в Петропавловском соборе в 80-летнюю годовщину убийства Царской семьи: «…Делая это заявление, мы весьма сожалеем, что скорбная годовщина убийства императора и его семьи оказалась омрачена ожесточенными спорами вокруг останков, найденных в Екатеринбурге… Эти останки будут захоронены в соборе Святых Петра и Павла в Санкт-Петербурге. Государственная комиссия признала их останками императорской семьи. Как известно, решение комиссии вызвало в Церкви и обществе двоякую реакцию. Наряду с теми, кто доверяет выводам комиссии, есть и те, кто не принимает их… В этой ситуации первоиерархи Церкви, обязанностью которых является забота о сохранении единства Церкви и содействие гражданскому миру и согласию, самой логикой конфликта призваны воздержаться от поддержки той или другой стороны».
На погребальной церемонии в Петропавловском соборе в отсутствие Патриарха всея Руси и митрополита Санкт-Петербургского, как и в других храмах РПЦ, провели заупокойную службу (ведь это был день 80-й годовщины убийства Царской семьи). Службу в соборе во имя Петра и Павла возглавлял протоиерей Борис Глебов, во время этой службы упоминались христианские жертвы революции; по предупреждению Священного Синода на заупокойной службе в Петропавловском соборе имена Николая II и членов его семьи не упоминались.