Представители РПЦ задали Государственной комиссии по идентификации екатеринбургских останков 10 вопросов, частично ответы на них были приняты, но частично ответами были не удовлетворены (1995, 1996 гг.). Представители РПЦ требовали дополнительных объяснений по следующим вопросам: 1) возможно ли было полностью сжечь трупы за чрезвычайно короткое время так, что они превратились полностью в пепел, даже следы которого определить нельзя; 2) почему следователь Н. Соколов обнаружил в 1919 г. палец мужчины, зубной протез доктора Боткина, 2 кусочка кожи, около 40 фрагментов костей возле шахты урочище Четырех Братьев, тогда как останки, найденные во время эксгумации в 1990-е годы и позже, находились в общей могиле, недалеко, но все-таки удаленной от той шахты; 3) кто является настоящим автором записки Я.М. Юровского от 1920 г. (один из главных исполнителей убийства, в его записке были изложены факты убийства и захоронения останков); 4) кому принадлежат два зуба, обнаруженные в могиле, если удалось доказать, что они не могли принадлежать никому из тех, чьи останки были обнаружены в той могиле; 5) почему на черепе, предположительно принадлежащем Николаю II, не обнаружено никаких следов и рубцов от ран, нанесенных еще цесаревичу Николаю в 1891 г. во время визита в Японию в г. Оцу самураем-фанатиком; 6) насколько обоснованы высказывания, обвинения в том, что убийство Царской семьи носило ритуальный характер, и ряд других. Ответы на эти вопросы представителей РПЦ не удовлетворили, что определило решение РПЦ не давать благословения на захоронение найденных под Екатеринбургом останков (по Кингу Г., Вильсон П., с. 752). Полные и строго аргументированные ответы на эти вопросы РПЦ не получила.
Церемония захоронения останков императорской семьи в Петропавловском соборе