Идея «независимого Туркестана» адресует к доктрине пантюркизма, носителем которой с момента своего образования являлись Османская империя и ее преемница Турция. Не случайно Якуб-бек признал себя вассалом турецкого султана, а в Синьцзян сразу поспешили турецкие военные советники. С этого момента контакты между мусульманами Китая и Турции через Центральную Азию постоянно подпитывали сепаратистские настроения Синьцзяна. Главным посредником в этом длительное время были исламские центры Кокандского ханства, откуда в Синьцзян шел поток проповедников и ходжей — потомков династии Яркендских правителей.
Центральноазиатский регион давно являлся зоной соперничества России и Китая. После присоединения территорий нынешнего Казахстана и Центральной Азии к Российской империи часть Синьцзяна оказалась в сфере влияния России. Во время восстания Якуб-бека маньчжуры обратились за помощью именно к военным властям русского Туркестана. В свою очередь, в связи с агрессивными действиями Якуб-бека по отношению к российским туркестанским владениям, Россия приняла решение о занятии Кульджи и удержании ее до подхода маньчжурско-китайских сил. Китай и Россия умели, как мы видим, согласованно действовать и получать необходимые результаты. По Петербургскому договору с Китаем 1881 года, за Россией осталась часть Илийского края, где были расселены дунганы, уйгуры, казаки. В последующие десятилетия влияние России в этом районе сохранялось, а с возникновением СССР — укрепилось. Вместе с тем наличие СССР сдерживало распространение идей панисламизма и пантюркизма в Центральной Азии и одновременно стабилизировало ситуацию в китайском Синьцзяне.
После распада СССР Турция одной из первых заявила о своей поддержке новообразованным государствам Центральной Азии. Мгновенно реанимировались все идеи тюркского единства, от лозунгов Великого Турана (одно государство — одна нация) до создания пояса тюркских государств (одна нация — много государств), и в том числе Исламской республики Туркестан. Столицей такой республики называлась Алма-Ата, и сообщалось, что в состав республики войдет и Синьцзян. Идея активно обсуждалась в 1991 — 1994 годах, но далее уступила место идее тюркского давления с целью отделения Синьцзяна от Китая и образования там самостоятельного тюркского государства.
Китай прекрасно понимает, что отделение СУАР запустит механизм «домино», воодушевление сепаратистов в Тибете и Внутренней Монголии, что в конечном итоге может привести к распаду страны.
Вооруженный путь борьбы за независимость был выбран уйгурскими сепаратистами не спонтанно. Это решение принял Всемирный уйгурский курултай, который проходил в Стамбуле в конце 1996 года. Большинство его участников поддержало «чеченский вариант» как наиболее приемлемый для решения «уйгурской проблемы» — создания Восточного Туркестана.
Ныне самая активная организация, объединяющая уйгурских сепаратистов, — Исламское движение Восточного Туркестана (ИДВТ). Оно имеет до 600 боевиков, прошедших подготовку в лагерях исламистов в Афганистане, Таджикистане, Пакистане и Чечне. В структуру ИДВТ входят мобильные бандформирования, органы управления, разведки, контрразведки, пропаганды и материально-технического обеспечения.
Все действия религиозных экстремистов координируются и финансируются единым центром, во главе которого стоят представители международного терроризма. Таким центром, вероятно, является неофициальный исламский совет (шура) со штаб-квартирой в Кандагаре, образованный Усамой бен Ладеном совместно с лидером движения «Талибан» муллой Омаром и одним из религиозных авторитетов Сирии Абу Сухайибом Аль Ансари.
При совете создан фонд поддержки исламского экстремизма «Байт-ул-мол», за счет которого производится финансирование и материально-техническое обеспечение боевиков исламистских группировок, в том числе из Китая. Генеральным спонсором уйгурских сепаратистов является Усама бен Ладен. В начале 1999 года на территории Афганистана состоялась его встреча с лидерами Исламского движения Узбекистана (ИДУ) и Исламского движения Восточного Туркестана, где он взял на себя обязательство давать деньги обеим организациям.