В 1519 году Маро стал камердинером Маргариты и покорно влюбился в нее; сплетничали, что она отвечала на его стоны, но, скорее, она не давала ему ничего, кроме религии. В промежутках между своими любовными похождениями он проникся умеренной симпатией к протестантам. Он последовал за Франциском в Италию, сражался, как Баярд, при Павии, имел честь попасть в плен вместе со своим королем и — за поэта не ждали выкупа — был освобожден. Вернувшись во Францию, он так открыто заявил о своих протестантских идеях, что епископ Шартрский вызвал его к себе и держал в благостном заточении в епископском дворце. Он был освобожден благодаря заступничеству Маргариты, но вскоре был арестован за помощь заключенным в побеге от полиции. Франциск внес за него залог и повез в Байонну, чтобы воспеть прелести своей новой невесты, Элеоноры Португальской. После очередного заключения в тюрьме за поедание бекона в Ленте он последовал за Маргаритой в Кагор и Нерак.
Вскоре дело о плакатах оживило кампанию против французских протестантов. До Маро дошли вести о том, что его комнаты в Париже обыскали и выдали ордер на его арест (1535). Опасаясь, что даже юбки Маргариты не смогут укрыть его, он бежал в Италию, к герцогине Рене в Феррару. Она приняла его так, словно из Мантуи прибыл возрожденный Вергилий; возможно, она знала, что ему нравится связывать свое имя с именем Публия Вергилия Маро. Он больше походил на легкомысленного, влюбленного Овидия или на своего любимого Вийона, чьи стихи он редактировал и чью жизнь пережил. Когда герцог Эрколе II дал понять, что он переполнен протестантами, Клеман отправился в Венецию. До него дошли слухи, что Франциск предложил помилование отрекающимся еретикам; Маро, считая, что парижские дамы стоят мессы, отрекся. Король подарил ему дом и сад, и Клеман старался быть буржуазным джентильомом.