Несмотря на все усилия, направленные на сохранение биоценозов на Мадагаскаре, угрозы для разнообразия видов флоры и фауны не устранены. Наибольшую экологическую опасность представляет деятельность человека. Морское и прибрежное биоразнообразие чрезмерно эксплуатируется и развитие прибрежных районов остаётся неустойчивым. Способность государства решать проблемы охраны окружающей среды периодически подрывают политические кризисы. По этим причинам сохранение уникального биоразнообразия на острове остаётся постоянной проблемой. Существует контраст между богатством и ценностью биоценозов и нищетой граждан страны. Сельское население весьма зависимо от природных ресурсов, поэтому природоохранные меры, ограничивающие доступ к ресурсам могут иметь негативные последствия для местных жителей. При планировании и проведении природоохранных мероприятий, для повышения их эффективности, важно согласование с местными лидерами [16–20].
Президентом Мадагаскара М.Раваломанана, при поддержке международных природоохранных и местных организаций, выделено 10 % площади страны под национальные парки и другие охраняемые территории. Это замедлило вырубку лесов, позволило более эффективно защищать биоразнообразие и способствовало развитию экотуризма. Две трети туристов, посещающих остров – это любители природы. Законом о национальных парках предусмотрено, что половина входной платы поступает в местные общины, материально поддерживая население.
После государственного переворота система управления парками была разрушена и инвестиции от зарубежных фондов, которые обеспечивали половину годового бюджета правительства, перестали поступать. В этих условиях организованные банды грабили уже не охраняемые тропические леса в парках острова для добычи драгоценных лиственных пород и находящихся под угрозой исчезновения лемуров, отпугивали туристов, которые обеспечивали необходимый стимул для сохранения парков. От вырубок особенно пострадали леса в северной части страны. Вооруженные формирования, вероятно финансируемые за счет зарубежных лесопромышленных трейдеров, а иногда и в сговоре с местными чиновниками, вторглись в национальный парк Марожежи и уничтожали, в основном, розовое и эбеновое (чёрное) дерево [21].
Местным властям удалось перекрыть доступ в этот парк посторонним людям, тогда «чёрные» лесорубы перебрались в парк Масуала – объект Всемирного наследия ЮНЕСКО. Он считается одной из жемчужин охраняемых районов Мадагаскара. Это полуостров, место необычайной красоты, с пышными тропическими лесами, песчаными пляжами, окаймлёнными чистейшим морем с коралловыми рифами. Парк Масуала и соседний – Макира, по оценкам, содержат 50 % биоразнообразия Мадагаскара, занимая менее 2 % от площади острова. Именно в этих местах происходила большая часть массовой вырубки палисандра. По примерным оценкам, в парках пострадало 11–16 тыс. га тропического леса. Было вывезено древесины на сумму около $ 100 млн, в основном – в Китай, для изготовления изделий, которые в итоге продавались в Европе и США.
Кроме вырубки ценных пород деревьев были обнаружены следы охоты на лемуров. Неправительственной организацией «Consevation International», которая работала в тот период на Мадагаскаре, опубликовала фотографии, запечатлевшие груды мёртвых лемуров, обнаруженных у торговцев и в ресторанах в северных городах острова [22].
В целях сохранения экосистемы тропических лесов на Мадагаскаре правительством создаются охраняемые территории. В 2001 г. Министерство окружающей среды и лесов Мадагаскара совместно с Обществом охраны дикой природы начали создавать охраняемый район по проекту «Леса Макира» («Makira Forest»). Проект направлен на сохранение влажных тропических лесов на участках малой и средней высоты в пределах ландшафтов залива Антонгил в северо-восточной части Мадагаскара. В этой области находится один процент от всего биоразнообразия Земли. Территория охватывает леса Макира и Масуала и является одной из самых больших на острове. Разнообразие неповрежденных экологических систем поддерживает среду обитания дикой природы и обеспечивает жизненно важные условия для человека и животных сообществ. В настоящее время в лесах обитает 20 видов лемуров – это самое высокое разнообразие животных среди всех охраняемых территорий Мадагаскара.
В 2003 г., для усиления защиты биоценозов острова была увеличена площадь охраняемых природных территорий более чем в три раза – до 60 тыс. км 2
или до 10 % поверхности острова. В 2007 г. шесть из национальных парков были объявлены Памятниками всемирного наследия под названием «Влажные тропические леса Ацинананы». С 2011 г. в состав охраняемых природных территорий включены 5 строго охраняемых заповедников, 21 резерват дикой природы и 21 национальный парк. Разработана национальная стратегия сохранения лесов. Пять проектов охватили почти 1,8 млн га в крупнейших лесных местообитаниях Мадагаскара. К 2014 г. площадь охраняемых территорий увеличена до 7 млн га в 2014 г.