Этот лживый отказ Центрального комитета ПСР от ответственности за террористическую деятельность не было единичным случаем. Высшее руководство партии заняло такую же позицию после казни эсерами героя Кровавого воскресенья, священника и харизматического пролетарского лидера отца Георгия Гапона, ставшего полицейским осведомителем вскоре после событий 9 января 1905 года. Для высшего руководства партии, установившего связь с Гапоном и потом публично отрекшегося от сотрудничества с ним, он стал мишенью номер один. В отличие от более ранних случаев, когда эсеровские террористические акты планировались и проводились группами боевиков, Центральный комитет послал привести в исполнение смертный приговор Гапону только одного человека — его друга и революционного соратника Петра Рутенберга (Мартына), который шел вместе с ним к Зимнему дворцу и спас ему жизнь, уведя в безопасное место, когда началась стрельба. Чтобы доказать сторонникам Гапона его связи с полицией, Центральный комитет решил, что Рутенберг должен убить и Гапона, и П.И. Рачковского, начальника политического отдела Департамента полиции, во время их тайной встречи(87).
В феврале 1906 года Гапон посетил Рутенберга в Москве и рассказал ему о своих связях с полицией. Он попросил Рутенберга помочь ему получить информацию о Боевой организации, за что полицейские чиновники якобы пообещали заплатить сто тысяч рублей. Действуя с санкции Центрального комитета, Рутенберг притворился, что обдумывает предложение Гапона, и во время торговли со священником о разделе между ними денег стал настаивать на личной встрече с Рачковским — встрече, которая предоставила бы ему возможность, убить обоих врагов(88). Время шло, Рачковский был слишком благоразумен, чтобы встречаться с революционером на условиях последнего, Рутенберг терял терпение и в конце концов решил избавиться только от Гапона, таким образом нарушая приказ Центрального комитета(89).
28 марта 1906 года Рутенберг заманил Гапона в заброшенный дом недалеко от финской границы, чтобы якобы закончить переговоры. Несколько рабочих прятались в смежной комнате и слышали, как Гапон убеждал Рутенберга предать своих товарищей. Убедившись в измене Гапона, рабочие, ранее бывшие его поклонниками, вломились в комнату и, не обращая внимания на мольбы священника, обмотали веревку вокруг его шеи и повесили(90).
Незадолго до этого убийства лидеры эсеров согласились принять участие в публичном суде над Гапоном за границей. Поэтому после расправы с ним они не испытывали желания признавать, что изменник был казнен до суда по их распоряжению. Чтобы выйти из этого неловкого положения, Центральный комитет использовал тот факт, что Рачковский, в нарушение инструкций, не был убит вместе с Гапоном(91). Лидеры эсеров также были озабочены возможной негативной реакцией трудящихся масс, среди которых, как они полагали, Гапон все еще был очень популярен как герой, который чуть не погиб, передавая петицию бедняков царю в Кровавое воскресенье; они боялись, что рабочие решат, что Гапон был убит из-за мелких интриг и соперничества внутри партии(92).
Человеком, заплатившим за беспринципность эсеровских руководителей, стал Рутенберг, превратившийся в глазах обществаиз революционного мстителя в обычного уголовника, подозреваемого в убийстве Гапона по личным мотивам и по собственной инициативе. Центральный комитет явно предал Рутенберга; может быть, желая скомпрометировать в то же время и правительство, ЦК даже не опроверг широко циркулировавшие слухи о связях Рутенберга с полицией и о том, что он убил революционного священника по приказу властей(93). В течение многих лет Рутенберг требовал, чтобы партия опубликовала официальное заявление о том, что Центральный комитет приказал ему убить Гапона, но руководство эсеров постоянно отклоняло его требования(94).
Анализ многочисленных политических убийств, готовившихся и совершенных в столице или недалеко от нее Боевой организацией или более мелкими террористическими группами, не оставляет сомнений в одном: постоянные заверения партийных идеологов о том, что террор был всегда частью массового движения рабочих, крестьян и солдат, являлись по преимуществу пустыми словами, необходимыми для видимой верности теоретическим постулатам. Многие теракты были местью, хотя некоторые и ставили цель углубления борьбы с правительством. В 1907 году, например, властям в С.-Петербурге удалось расстроить планы эсеров совершить «несколько террористических актов против высшего военного командования… чтобы поддержать революционные настроения в армий»(95).