Точно так же как террористы нового типа в центральной Боевой организации стремились отстоять свою независимость от высших партийных органов, их товарищи в провинции часто игнорировали резолюции ЦК и даже иногда действовали вопреки им. Это неповиновение проявилось особенно ярко в реакции различных групп на принятую после обнародования Октябрьского манифеста резолюцию ЦК ПСР о прекращении террористической деятельности. Многие эсеры на местах были возмущены тем, что они считали оппортунизмом и соглашательством с умирающим самодержавием. Екатерина Измаилович, позже стрелявшая и тяжело ранившая вице-адмирала П.Г. Чухнина, командира Черноморского флота в Севастополе, подавившего бунт на крейсере «Очаков» в 1905-м, назвала такое решение руководства партии «предательством народного дела». Многие эсеры решили не подчиняться ЦК и продолжать террористическую деятельность(101). Таким образом, после октября 1905 года, несмотря на официальное заявление ПСР о приостановке всякой террористической деятельности, за исключением терактов против отдельных особо отличившихся жестокостью репрессивных мер представителей правительства, эсеры по всей российской территории продолжали убивать государственных чиновников, полицейских и армейских офицеров, осведомителей и шпионов(102). То же происходило и сразу после открытия заседаний Думы, когда руководство ПСР в очередной раз оказалось не в состоянии контролировать своих боевиков(103).
Впрочем, все увеличивавшееся число новых эсеров-боевиков сильно отличалось от членов Боевой организации той легкостью и явным равнодушием, с которыми они осуществляли свои кровопролитные акции. Боевая организация действовала сравнительно осторожно, и в начальный период ее деятельности Гершуни принимал меры к сохранению жизни невинных прохожих, используя не взрывные устройства, а револьверы и, по словам боевика Владимира Зензинова, оказывая предпочтение «прямым и героическим ударам в лицо врагу»(104). И позже, при Савинкове, Иван Каляев после нескольких недель подготовки в последний момент отказался от намерения бросить бомбу под карету великого князя Сергея Александровича, заметив, что там кроме сановника находились его жена и дети ее родственников(105).
С другой стороны, трудно безоговорочно принять уверение Зензинова, что «эти принципы… стали характерными для всей террористической деятельности партии даже после Г.А. Гершуни» и что «они превратились в традицию для террора ПСР на все будущие времена и на весь период ее существования»(106). Так, например, покушение на генерал-лейтенанта Неплюева, командира севастопольской крепости, показывает, что рядовые российские граждане не могли чувствовать себя в безопасности при эсеровском терроре. 14 мая 1906 года, во время парада по случаю празднования годовщины коронации Николая II , двое террористов, действовавших с ведома и с помощью севастопольского комитета ПСР, но не по прямому его приказу, пытались убить Неплюева при помощи самодельных бомб. Имея на себе смертоносные, в любой момент могущие взорваться «адские машины», они смешались с толпой зрителей, ожидавших проезда генерала, но, когда один из них, Николай Макаров, бросил свою бомбу под ноги Неплюеву, взрывной механизм не сработал. В это же самое время раздался оглушительный взрыв с другой стороны — это преждевременно разорвалась бомба второго террориста, матроса Ивана Фролова, которая убила на месте самого Фролова и шестерых зрителей и ранила тридцать] семь человек(107).
Это покушение на Неплюева не было случайным трагическим эпизодом в кампании эсеровского террора эсеров. Поскольку для террористов наилучшие возможности для приближения на достаточно близкое расстояние к высшим чиновникам представляли публичные мероприятия, они использовали для совершения терактов такие события, как, например, церковные службы и молебны(108). К 1905 году гнев эсеров уже не был направлен только против крупных правительственных чиновников, лично ответственных за преследования. Например, террорист Сергей Ильинский объяснял после того, как 9, декабря 1906 года в городе Твери он стрелял отравленными пулями в генерал-адъютанта графа Игнатьева, члена Государственного совета, что причиной этого поступка послужила причастность графа к правительству, которое «шло против народа и вешало его», а также его близость ко двору(109).