Пий IX собрал дипломатов, аккредитованных при Святом престоле, и заявил, что принятие требований толпы равнозначно его отречению. Народная манифестация повторилась два дня спустя: снова толпа подошла к Квириналу, и опять швейцарцы ее прогнали. Снова был разговор понтифика с дипломатами; на этот раз Пий согласился с одним из требований римлян. Главой правительства был назначен престарелый прелат Карло Эмануэле Муццарелли, склонный к либеральным решениям.
Вечером 24 ноября папа бежал из Рима, переодевшись в сутану простого священника, и укрылся в крепости Гаэта. Он отдал себя под покровительство Королевства Обеих Сицилий, а потом потребовал от католических держав навести порядок в церковном государстве. В Риме тем временем власть перешла в руки Народного собрания (Совета депутатов). Римляне выбрали делегацию на переговоры с папой, но ее не пропустили к понтифику неаполитанские войска. Совет депутатов 12 декабря назначил государственную хунту; 20 декабря хунта выпустила прокламацию, в которой обещала созыв учредительного собрания. Спустя три дня часть министров ушла в отставку; они были срочно заменены. Еще через три дня хунта распустила римский парламент.
Новые выборы были назначены на 21–22 января 1849 г. Они закончились победой радикалов. Было избрано 179 народных представителей. Чтобы придать римской ассамблее общеитальянский характер, в депутаты избрали и представителей других итальянских государств; в числе избранных оказались Джузеппе Мадзини и Джузеппе Гарибальди.
Ассамблея открылась 5 февраля под председательством Джузеппе Галлетти и проголосовала за провозглашение республики. Основы конституции Римской республики ассамблея приняла 9 февраля 1849 г. 118 голосами при 8 против и 12 воздержавшихся. В этой конституции, между прочим, впервые в Европе была провозглашена свобода вероисповедания. В конституции также содержалось положение об отмене смертной казни на территории республики (до того подобная статья существовала только в конституции Великого герцогства Тосканского).
18 февраля государственный секретарь Папской области Антонелли направил правительствам Франции, Австрии, Испании и Королевства Обеих Сицилий ноту с просьбой оказать вооруженную помощь Святому престолу. В тот же день командующий австрийскими войсками Радецкий ввел на территорию Папской области экспедиционный корпус в составе 6 тыс. человек. Быстро разбив тосканские, а потом и сардинские воинские соединения, он лишил Римскую республику возможной помощи с севера.
Тем временем для управления республикой был назначен полномочный триумвират в составе: Аурелио Саффи, Карло Армеллини, Джузеппе Мандзини (29 марта). А с запада уже грозил новый враг: генерал Удино вел французский экспедиционный корпус (7 тыс. человек), который высадился в Чивитавеккье 24 апреля. Стараясь обезопасить себя от возможного сопротивления при высадке, французы объявили: «Правительство Французской Республики… объявляет об уважении воли римского населения… Равным образом оно не намерено навязывать этому населению какую-либо форму правления, не отвечающую желаниям этих людей».
Аналогичное обещание французское командование через несколько дней повторило перед лицом депутатов учредительного собрания. Прошло совсем немного времени, и Удино объяснял римлянам, что французские войска введены в город «для того чтобы сохранить традиционное влияние Франции». Прием французам оказали совсем не ласковый. Удино сообщил об этом в Париж и 28 апреля получил приказ ввести 6 тыс. солдат в Рим.
На самом деле такие действия прямо противоречили конституции Французской республики от 4 ноября 1848 г., преамбула которой запрещала вооруженным путем подавлять свободу другого народа.
Но Удино обманул своих солдат, сказав им: «У нас не будет врагов. Мы идем освобождать». В тот же день в Рим прибыли 600 берсальеров из так называемой «Ломбардской дивизии», экспериментального соединения, входившего в армию Сардинского королевства. Кроме них, город защищали около 10 тыс. республиканских солдат, разделенных на четыре бригады, которыми командовали Джузеппе Гарибальди, оборонявший район Джаниколо, полковник Луиджи Мази, полковник Савини и полковник Галлетти. Первая атака французов (30 апреля) была отбита.