В начале 1390-х годов так славно начавшееся правление Василия омрачилось внутрирусскими распрями. Вновь непокорность проявил Великий Новгород. Его свободолюбивые жители отказались приезжать на суд к митрополиту Киприану, отказались и заплатить пошлины Москве. Тогда великий князь послал против Новгорода Владимира Андреевича серпуховского и своего брата Юрия Дмитриевича звенигородского. Большое войско подошло к Торжку. В городе началась страшная паника, и многие новоторжцы бежали с семьями в Новгород, куда стекались толпы народу и из других новгородских волостей. Без труда москвичи овладели Торжком, а после начали воевать другие земли новгородские, в частности захватили и Вологду. Новоторжцы подняли было мятеж, даже убили великокняжеского боярина, некоего Максима, за что жестоко поплатились. Зачинщики были схвачены, привезены в Москву и казнены. Новгород решил предпринять ответные шаги. Его войска начали нападать на земли великого князя, взяли Устюжну, пожгли Устюг и Белоозеро. Но вскоре новгородцы поняли, что их силы слишком слабы и обратились к Василию с просьбой о мире. По договору Новгород обязывался выплатить московскому князю все пошлины и еще 350 рублей Василию и митрополиту лично.
Только успокоилось на севере, как пришла беда с востока. В 1393 году в тюрьме умер бывший нижегородский князь Борис Константинович, о котором говорилось ранее. Однако на свободе остались его неугомонные племянники Дмитриевичи — Василий Кирдяпа и Семён. Они некоторое время жили в Суздале, но после смерти дяди бежали в Орду, видимо, надеясь получить ярлыки на свою вотчину. Была послана погоня, но князья ушли от нее. Назад князь Семён вернулся с ордынским войском некоего Ейтяка. Вероятно, это были казанские татары, по собственной инициативе вызвавшиеся помочь ему. Три дня московские воеводы выдерживали осаду Нижнего, но, наконец, взяв с осаждавших клятву, что они не будут захватывать в плен и грабить горожан, открыли ворота. Орда ворвалась в Нижний, и начались грабежи и разбой. Князь Семён оправдывался так: «Не я обманул, а татары; я в них не волен и ничего не могу с ними сделать». Бесчинства продолжались две недели. И лишь когда ордынцы услышали о приближении большой московской рати, они спешно собрались и убежали в Орду. Семён бежал туда же. Войско, во главе которого стоял брат Василия — Юрий Дмитриевич, дошло за Волгу и на Каму, три месяца воевало татарские области и взяло несколько поволжских городов, в том числе Казань, Болгар и Жукотин. Была захвачена большая добыча и наказаны клятвопреступники ордынцы.
В это время в Орде вообще было неспокойно. Тимур вторгся в пределы ханства, и в решающем сражении Тохтамыш был разбит наголову. Тимур преследовал его до Волги, посадил в Орде нового, покорного себе хана и двинул свои полчища на север к русским границам. Нашествие нового врага всколыхнуло Русь. Василий собрал полки и, оставив в Москве Владимира Андреевича, выступил к Коломне и остановился на берегу Оки, ожидая неприятеля. Тимур тем временем взял Елец, пленил местного князя и разорил прилегавшие области. Москвичи, объятые ужасом, постились и молились. Василий приказал срочно укреплять все города и написал послание митрополиту Киприану с просьбой перенести в Москву из Владимира чудотворный образ Владимирской Богоматери. Заступничество Божией Матери спасло Русь. Простояв 15 дней в Рязанской земле и опустошив донские земли, Тимур повернул свои войска назад в тот самый день, когда москвичи встречали образ Богородицы, принесенный из Владимира. Великий князь вернулся в столицу, где с великой радостью был принят духовенством и народом. С тех пор Русская церковь установила праздник в честь сретения иконы Владимирской Богоматери 26 августа, так как именно в этот день она была принесена в Москву. Улица Москвы, где встречали икону, с тех пор носит название Сретенка.
Золотая Орда, разгромленная нашествием Тимура и обескровленная, уже не могла представлять для московского князя существенной опасности. Поэтому Василий прекратил посылать хану дань, и Русь впервые на длительное время освободилась от ордынской зависимости. Зато усилился западный сосед — Великое княжество Литовское, где с 1392 года укрепился Витовт. Он начал проводить крайне агрессивную внешнюю политику, пытаясь расширить границы своего государства за счет русских земель. Московский князь поддерживал с Литвой в это время политику вооружённого нейтралитета. В 1395 году Витовт захватил Смоленск, а князь Юрий Святославич смоленский бежал в Рязань к своему тестю князю Олегу Ивановичу. Василий I приезжал вместе с митрополитом Киприаном в Смоленск к своему тестю — Витовту — на Пасху в 1396 году. Затем Витовт начал войну с Рязанью и опустошил многие рязанские волости. Василий не противодействовал ему, поскольку был заинтересован в ослаблении еще одного давнего соперника Москвы.