В 1493 году Москва заключила с Данией мирный договор. Основным противником обоих государств на Балтике выступал Ганзейский торговый союз. Осенью 1494 года в Новгороде по распоряжению Ивана был закрыт Ганзейский двор и конфисковано имущество ганзейских купцов. Это означало начало войны с Ганзой за балтийскую торговлю. Союз с Данией предопределил и войну Ивана со Швецией, которая началась в 1495 году. Во время нее наше войско предприняло штурм Выборга, вышло в район города Або, были захвачены шведские суда, и даже часть Северной Финляндии признала вассальную зависимость от Руси. При этом русские послы в Данию прошли северным морским путем вокруг Скандинавии более чем за полвека до плавания Ченслера в Архангельск! В 1496 году шведам удалось захватить и сжечь Ивангород, но вскоре враг отступил. Город был заново отстроен. Война не принесла существенных успехов ни одной из сторон. В марте 1497 года в Новгороде было заключено перемирие со Швецией сроком на 6 лет. Главное — была обеспечена свобода торговли на Балтике, в том числе и для русских судов. Так Иван III первым из русских государей, задолго до Петра Великого, попытался «прорубить» окно в Европу. Это было началом балтийской политики нашего государства и его борьбы за выход к морю.
Сложными были взаимоотношения у Ивана III с православной церковью. В это время в русской церкви возникли два идейных течения — «нестяжателей», главой которых был Нил Сорский, и «иосифлян», идеологом которых являлся Иосиф Волоцкий. «Нестяжатели» вели борьбу против превращения церкви в богатый государственный институт, «иосифляне», напротив, способствовали укреплению церкви и ее позиций в экономической и политической жизни страны. Иван III стремился подчинить церковь своей власти, вмешиваясь не только в проблемы церковного землевладения, но даже в обрядность. На этой почве у великого князя разгорелся конфликт с митрополитом Геронтием, а после его смерти отношения и с его преемниками продолжали оставаться напряженными. Тогда же на Руси появляются первые «ереси», проходит несколько процессов над еретиками. Дело дошло даже до сожжения нескольких обвиненных в ереси лиц (декабрь 1504 г.). В 1503 году в Москве состоялся церковный собор, на котором Иван III предложил проект секуляризации церковных земель (лишенные земель иерархи и монастыри должны были получать взамен ругу — государево жалованье). В поддержку реформы Ивана выступили Нил Сорский и его сторонники, против — иосифляне, которые в конечном итоге победили. Таким образом, Иван III предлагал провести секуляризацию задолго до Петра и Екатерины, которая осуществила эту реформу лишь в 1764 году.
В 1503 году Иван III перенес инсульт. С тех пор здоровье его пошатнулось. Он составляет духовную грамоту, в которой разделяет государство на несколько уделов. Наследником и великим князем московским, тверским и новгородским объявлен Василий. Впервые Москва не «делится по частям», а полностью переходит к старшему сыну князя. Юрий Иванович становится князем дмитровским, в его владения входят также Звенигород, Кашин, Руза, Брянск и Серпейск. Дмитрий Иванович, получивший в истории прозвание «Жилка», становится князем угличским и владетелем еще нескольких городов. Семён Иванович получает Калугу, Бежецкий Верх и Козельск. Наконец, младший Андрей Иванович — князь старицкий и верейский. Эти мелкие владения не составляют единых территориальных комплексов, это лишь отдельные города и волости, вкрапленные в государственную территорию. Выделение новых княжеств Иваном — дань традиции, не более того. Поэтому власть князей в них можно считать номинальной. Василий III предпринял попытку остановить дальнейшее дробление княжеств и запретил своим братьям жениться до тех пор, пока у него самого не родится наследник (что произошло только в 1530 году, когда на свет появился Иван Грозный).
В начале 1505 года Иван заболел. Перед смертью он не принял пострига, хотя всю жизнь носил второе христианское имя — Тимофей. Иван III скончался вечером 27 сентября 1505 года и был похоронен в Архангельском соборе Кремля.
Закончилась великая эпоха его правления. Иван III сделал Русь великой державой, он создал единое государство, присоединив к Московскому княжеству другие русские земли: Новгород, Тверь, Вятку, Белоозеро, Вязьму. Иван окончательно сбросил ордынское иго, установил контроль над Казанским ханством, на равных общался с Турцией, Священной Римской империей, европейскими государствами. При Иване Русь стала наследницей Византии, оплотом православной веры. Именно Иван создал такие русские национальные святыни, как Успенский собор и двуглавый орел как государственный символ. Русь превращалась в Россию. Великий князь московский стал Государем Всея Руси.
От великого княжения к царству