Через некоторое время в Псков прибыл сам Василий III с войском. 27 января он созвал именитых горожан и объявил свою волю: около 300 знатных псковских семейств должны покинуть город и переселиться в московские земли, а на их место приедут москвичи. Так, перемещая людские массы, Василий хотел фактически уничтожить «лицо» города, «растворив» коренное население в приезжих. Великий князь действовал по методу отца, ранее почти таким же образом расправившегося с новгородцами. (Точно так же впоследствии будет поступать и Советская власть!) Псков был покорен, однако московский суд и московские порядки не пришлись по душе псковичам, сильно пострадала и торговля, отягощенная новыми пошлинами. Многие горожане приняли постриг в монастырях, только бы не уходить из родного Пскова! Присоединение Пскова нанесло сильный удар по экономике и уровню жизни жителей этой земли.
Затем настала очередь Рязани. Там княжил Иван Иванович, отпрыск древней династии, начавшейся еще в XII веке. При Иване III Рязань была фактически лишена независимости, но Иван Иванович решил освободиться от диктата Москвы. Василий III получил известие о том, что рязанский князь имеет тайные сношения с крымским ханом Махмет-Гиреем и даже хочет жениться на его дочери. Самостоятельная внешняя политика была Рязани запрещена. Раздраженный Василий вызвал рязанского князя в Москву. Здесь Иван Иванович был схвачен. Его мать Агриппину постригли в монахини. В 1521 году Ивану Ивановичу удалось бежать из московского плена. Он собрал небольшое войско и подступил к стенам своего города, но, поняв, видимо, что сопротивляться Василию бесполезно, повернул и ушел в Литву, где и жил вплоть до своей смерти в 1534 году. В Рязань же был поставлен московский наместник, а часть жителей города выселена, то есть повторился опыт Новгорода и Пскова. Впрочем, Махмет-Гирей во время похода на Москву попытался было овладеть Рязанью, но отошел от города, не добившись успеха.
В 1523 году Василий расправился и с внуком Дмитрия Шемяки — князем Василием Ивановичем Шемячичем, который выехал из Литвы на службу к Ивану III, поскольку не хотел переходить в католичество. Шемячич княжил в Новгороде-Северском. Его неоднократно пытались оклеветать перед великим князем, но Василий каждый раз щадил родича. Однако после набега Махмед-Гирея Шемячич бы вызван в Москву. Поначалу он отказался приехать, требуя охранной грамоты. Митрополит Даниил дал ему «крестоцеловальную запись», и тогда в апреле 1523 года Василий Иванович приехал к великому князю. Василий III встретил Шемячича с почетом, но 12 мая приказал схватить его и посадить в темницу. Его жена и дочери были пострижены в монастырь. Шемячич умер в заточении 10 августа 1529 года. Так род старого врага Василия II окончательно сошел с исторической арены. Потомство Шемяки более не могло беспокоить московских князей.
Исчезли с «лица» русского государства последние уделы. Теперь остались лишь земли, которыми владели братья Василия. Однако покуситься на них великий князь не решался. Он поставил братьев под строгий контроль, окружив их верными ему людьми, сообщавшими в Москву о всех их действиях. Вообще же Василий относился к ним снисходительно. Семён Иванович калужский попытался бежать в Литву, но был прощен Василием. В 1518 году он умер, и Калуга вновь вошла в удел великого князя. В 1521 году скончался и другой сын Ивана III — Дмитрий Жилка, оставивший Углич также Василию III. Оба брата были бездетными. Теперь оставались еще два удела: Дмитров, которым владел Юрий, и Старица, принадлежавшая Андрею. Оба князя погибли уже после смерти своего могущественного старшего брата.
Так был завершен процесс объединения русских земель в единое государство, начатый еще первыми московскими князьями и длившийся несколько веков. Московская ветвь Рюриковичей выполнила одну из своих важнейших политических задач: Русь стала единой державой. Теперь возникла новая задача: отвоевание старых русских земель у западного соседа и главного соперника — Великого княжества Литовского, во владениях которого находились территории, ставшие впоследствии Белоруссией и Украиной, а также исконно великорусские области, в частности территория бывшего Смоленского княжества.