Неудивительно, что Иван вырос жестоким и коварным человеком, причём эти наклонности проявились у него уже в весьма раннем возрасте. Так, в 13 лет он приказал своим псарям схватить и убить одного из бояр — князя Андрея Шуйского. А когда Иван уже стал царем, в июне 1547 года к нему приехали 70 знатных псковичей с жалобой на злоупотребления своего наместника князя Пронского. Иван рассердился: как смеют простые «мужики» жаловаться на царского приближенного! — и приказал пытать псковичей самым жестоким образом: обливать горячим вином, палить бороды и волосы. Эти факты красноречиво свидетельствуют о том, что казни и убийства были обычными методами политики царя задолго до ужасов опричного террора.
В январе 1547 года Иван объявил боярам и митрополиту Макарию, что хочет жениться и принять новый титул — царя. Собственно, еще Ивана III и Василия III иногда величали царями, хотя формально они венчались только на великое княжение московское. На Руси царями издавна называли ханов Золотой Орды, но в 1480 году ордынская власть была окончательно ликвидирована, и Московская Русь стала независимым и единым государством. Кроме того, после гибели Византии в 1453 году она воспринималась как хранительница православия, наследница величия и славы Римской и Византийской империй — Третий Рим. Повышение международного престижа страны привело Ивана к мысли закрепить за собой царский титул окончательно. Поэтому 16 января 1547 года состоялась торжественная коронация Ивана в Успенском соборе Московского Кремля. К этому времени в Европе существовала только одна империя — Священная Римская германской нации, теперь появилось новое царство — Русь. Вскоре после этого Иван женился на юной боярышне Анастасии Романовне, принадлежавшей к древнему роду Захарьиных-Юрьевых. Ее брат Никита Романович стал одним из ярких государственных и военных деятелей того времени, а его внук — Михаил Фёдорович впоследствии, в 1613 году, был избран на царство.
В июне того же 1547 года на долю Ивана выпали новые испытания. Во время летней жары и сильного ветра в Москве вспыхнул страшный пожар, продолжавшийся десять часов. Город почти полностью выгорел, около 4 тысяч москичей погибли от огня и дыма. Сам царь и его двор укрылись в подмосковном селе Воробьеве. Доведенные до отчаянья люди во всем обвиняли князей Глинских, ближайших родственников Ивана, с которыми связывали беды боярского правления. Поползли слухи, будто бабка Ивана — Анна Глинская вызвала пожар своим колдовством. На Соборной площади кремля собралось импровизированное вече, требовавшее расправы над Глинскими. Один из дядьев царя — Юрий был тут же растерзан народом, дворы других бояр подверглись разгрому и были сожжены. Толпа москвичей, вооружённая копьями и щитами, во главе с городским палачом двинулась к царю в Воробьево. С большим трудом Ивану удалось утихомирить народ, хотя сам он позже признавался: «Вниде страх в душу мою и трепет в кости моя». Народные волнения произошли еще в нескольких городах, в том числе в Пскове и Устюге, и заставили правительство встать на путь реформ, которые осуществляли уже новые люди, появившиеся в окружении молодого царя. Они составили небольшой кружок, вошедший в историю под условным названием «Избранная рада».
Эта группировка возникла около 1549 года. Наиболее видными ее деятелями стали священник Сильвестр, служивший в «домовой» церкви государя — Благовещенском соборе Кремля, дворянин Алексей Фёдорович Адашев, князь Андрей Михайлович Курбский. Царь прислушивался к их советам, и в течение десяти лет рада провела ряд важных преобразований, укрепивших государственную власть. К середине XVI века процесс объединения русских земель вокруг Москвы окончательно завершился. Сформировалась территория централизованного государства, и предстояло окончательно скрепить это единство во внутриполитическом плане. Это было достигнуто следующими мерами.
Появилась новая система государственного управления. Во главе государства стоял царь. Роль законодательного и совещательного органа при нем, как и прежде, играла Боярская дума. Но теперь ее состав увеличился почти втрое, что дало возможность ослабить в ней роль старой боярской аристократии. Новым государственным органом стал Земский собор, впервые созванный в 1549 году. Он принял решение составить новый Судебник и наметил пути дальнейших преобразований. Впоследствии соборы созывались нерегулярно, но все же достаточно часто, вплоть до 80-х годов XVII века. На них решались важнейшие государственные дела, прежде всего связанные с внешней политикой и финансами. Впоследствии в периоды междуцарствий на соборах выбирались и новые цари. В состав соборов входили Боярская дума, так называемый Освященный собор, состоявший из высших иерархов Русской православной церкви, представители различных сословий России — дворянства, посадских, на соборе 1613 года присутствовали даже черносошные крестьяне. Таким образом, это был сословный орган, принимавший участие в управлении страной.