В сентябре 1533 года Василий с семьей поехал на богомолье в Троицкий монастырь, а оттуда на охоту в Волоколамск, но на пути занемог (на левой ноге у него появился подкожный нарыв). Вернувшись в Москву, великий князь разболелся. В ночь с 3 на 4 декабря 1533 года 54-летний Василий III скончался, приняв перед смертью постриг с именем Варлаам. Он был похоронен в Архангельском соборе Московского Кремля рядом с отцом и дедом.
После смерти Василия III московская династия Рюриковичей оказалась в очень сложном положении. Старший сын Василия III появился на свет 25 августа 1530 года в подмосковном селе Коломенском и был наречен Иоанном, второй — Георгий (Юрий) оказался глухонемым от рождения и потому, как говорили современники, «умом был прост». В силу физической неполноценности Юрий в государственные дела не вмешивался. Номинально он являлся князем угличским, но жил все время в Москве, и поэтому на своей гробнице в Архангельском соборе Кремля назван Московским. Он тихо скончался в 1564 году, а его вдова княжна Ульяна Палецкая ушла в Новодевичий монастырь, где постриглась под именем Александры. Она умерла в 1574 году.
К моменту смерти отца Ивану было всего три года, и в этом возрасте он стал великим князем московским. Впоследствии Иван Грозный даже гордился тем, что не помнил, как сделался великим князем, настолько был мал. Это придавало ему уверенности в законности собственной власти. Государь почти с рождения, Иван впоследствии попрекал низким происхождением своих политических противников — шведского короля Юхана III и польского Стефана Батория.
Вся реальная власть в государстве в период малолетства Ивана оказалась, конечно, в руках энергичной Елены Глинской. Ближайшим ее сподвижником и фаворитом стал князь Иван Овчина-Телепнев-Оболенский, молодой аристократ. Но у Василия III оставались еще и братья. Двое из них — Юрий дмитровский и Андрей старицкий ко времени смерти Василия были живы и владели пусть небольшими, но все же уделами, сохранявшими хотя бы формальную самостоятельность, — последними осколками былой раздробленности, и только в «пределах» великокняжеской семьи. Но Юрий и Андрей опасны были, конечно, не этим. Взрослые князья при малолетнем государе, естественно, могли сами претендовать на московский престол, тем более что веками на Руси существовала система наследования от старшего брата к младшему, поколебленная Дмитрием Донским и уничтоженная Василием II, дедом старицкого и дмитровского князей. И хотя оба князя никак свои претензии не проявляли, Елена Глинская сразу же решила «обезопасить» свою власть обычными для московских Рюриковичей средствами. Сначала в опалу попал неженатый старший брат, то есть первый потенциальный претендент на великокняжеский стол — Юрий дмитровский. Прошло чуть больше недели после кончины Василия III, а Юрий Иванович уже был схвачен в Москве, куда приехал хоронить брата. Несчастного заковали и посадили в ту самую темницу, где ранее содержался под стражей старший внук Ивана III — Дмитрий Иванович, там же и погибший. Два с половиной года провел Юрий в тюрьме и умер от голода в августе 1536 года. Затем настал черед и Андрея старицкого. Напуганный судьбой брата, он решил бежать в Литву, обычно принимавшую всех изгнанников русских престолов. Весной 1537 года он двинулся со своим двором к Новгороду, но путь ему преградили московские полки. Будучи не в состоянии дать сражение, Андрей понадеялся на обещания московских воевод, гарантировавших его безопасность, и с повинной поехал в Москву. Елена Глинская, как только князь оказался у нее в руках, приказала арестовать его. Андрея посадили в ту же тюрьму, где до этого умер Юрий. Всех приближенных Андрея подвергли пыткам и казням. Сам князь был уморен через несколько месяцев «под шляпою железною».
Впрочем, Елене Глинской недолго пришлось торжествовать победу: в апреле 1538 года она скончалась, как говорили, от яда. Исследование останков великой княгини, проведённое уже в наши дни, полностью подтвердило эти предположения. Вскоре погиб и ее фаворит князь Оболенский. Власть оказалась в руках соперничавших между собой боярских группировок, среди которых особенно выделялись старинные княжеские семьи — Шуйские и Бельские. Время боярского правления растянулось почти на девять лет. Центральная власть в этот период ослабла, и боярский произвол тяжело отразился на положении простого люда, обострив социальные противоречия.
Вот в такой обстановке вражды и интриг формировался характер молодого царя. Сам Иван так вспоминал впоследствии о своих детских годах: «Нас же с покойным братом Георгием начали воспитывать, как иностранцев или как нищих. Какой только нужды не натерпелись мы в одежде и в пище! Ни в чём нам воли не было; ни в чём не поступали с нами, как следует поступать с детьми. (…) Как исчислить подобные тяжёлые страдания, перенесённые мною в юности? Сколько раз мне и поесть не давали вовремя. Что же сказать о доставшейся мне родительской казне? Всё расхитили коварным образом».