К середине XVI века начала складываться система приказов — учреждений, ведавших отдельными отраслями государственной жизни или даже отдельными регионами государства. Само слово «приказ» произошло от того, что эти функции управления стали поручаться, «приказываться» боярам. При Иване Грозном сформировалось около двух десятков приказов, а впоследствии их число увеличивалось и к концу XVII века достигло 50. Одним из первых приказов стал Посольский, занимавшийся внешней политикой государства. Его возглавлял дьяк Иван Михайлович Висковатый. Адашев стоял во главе Челобитного приказа, высшего контрольного органа, разбиравшего просьбы, о которых шла речь в челобитных. Поместный приказ ведал распределением поместий между служилыми людьми, Разрядный — военной службой бояр и дворян, Пушкарский — артиллерией, Разбойный боролся с «лихими людьми», разбойниками. Некоторые приказы занимались отдельными территориями государства, так, после присоединения Казанского и Сибирского ханств возникли приказы Казанского и Сибирского дворцов. Во главе приказа стоял боярин или дьяк — крупный государственный чиновник, которому подчинялись подьячие. Число их было невелико, но они вели всю делопроизводственную работу. Формой приказного делопроизводства были столбцы, то есть свитки склеенных друг за другом листов бумаги, достигавшие иногда нескольких десятков метров в длину.
Изменилась и система местного управления. Если раньше сбор налогов поручался боярам-"кормленщикам», которые становились фактически правителями отдельных областей и жили за счет поборов с населения, то в 1556 году кормления были отменены. Власть на местах полностью перешла в руки выборных из местного населения: губных старост из дворян — в районах дворянского землевладения, земских старост из зажиточных крестьян — в районах черносошного крестьянства, городовых приказчиков или излюбленных голов из посадских — в городах. Это позволило укрепить местную администрацию, ограничить боярский произвол, ввести элементы самоуправления.
Территория страны в административном отношении была разделена на уезды, границы старых удельных княжеств перестали существовать. Таким образом, государство приобрело единую территориальную структуру и четкую систему управления — сформировалась сословно-представительная монархия.
Изменения в государственном управлении вызвали необходимость в новом своде законов — в 1550 году был принят новый Судебник, взамен старого, существовавшего с 1497 года. Составители нового Судебника внесли в законодательство ряд изменений, связанных с усилением центральной власти. Текст свода был четко систематизирован по отдельным статьям. Впервые вводились наказания для взяточников — от самых мелких, подьячих, и кончая боярами. Право ухода крестьян от владельца в Юрьев день хотя и подтверждалось, но плата за «пожилое» была увеличена. Феодал теперь отвечал за преступления своих крепостных, что еще больше связывало крестьян с их господином. Отдельные положения Судебника в последующей законодательной деятельности царя уточнялись и даже изменялись. Тем не менее вплоть до 1649 года Судебник Ивана Грозного оставался основным сводом законов Московского государства.
Единое государство нуждалось и в единой денежной системе. Она была создана еще во время регентства Елены Глинской в 1534—1535 годах. Раньше на Руси существовало две системы денежного счета — московская и новгородская. Теперь основной денежной единицей страны стал московский рубль (200 денег). Была изменена и налоговая система. Население России обязано было нести тягло — целый комплекс натуральных и денежных повинностей. В середине XVI века единицей налогообложения стала соха. В нее входило определенное количество четвертей земли в зависимости от качества земли (земли делились на «добрые», «середние» и «худые») и ее принадлежности разным категориям владельцев (служилые, церковные и государственные). С каждой сохи население платило определенный налог.