Начался беспредельный террор. По приказу царя опричиники громили усадьбы бояр и крестьянские дворы. Они грабили, убивали и насиловали. Кровь лилась рекой. Жесточайшие казни и разгульные попойки сменялись молитвами и постами. Царь буквально упивался убийствами. Казнили всех подряд — и аристократов, и незнатных дворян, и представителей духовенства. С прочим людом и вовсе не считались. Страну уничтожал собственный правитель. Временами, казалось, Иван одумывался. Он бросался на колени перед иконами и отбивал земные поклоны. Но потом все начиналось снова. Безумие царя, которому всюду мерещились измены и крамола, толкало его на самые подлые преступления. В огне террора погибли десятки боярских родов. Земский собор обратился к царю с просьбой отменить опричнину. В ответ царь приказал казнить около двухсот челобитчиков. Решительно осудил опричнину и митрополит Филипп. Грозный приказал лишить его сана и сослать в монастырь. Там страдальца задушил один из главных опричных палачей — Малюта Скуратов. Пал жертвой и Владимир Андреевич. По приказу Ивана его отравили вместе с молодой женой и маленькими детьми. Мать Владимира Андреевича княгиню Евфросинью, утопили в реке. Больше никаких родственников, кроме собственной семьи, у царя не осталось. Опричный разгул, массовые казни, грабежи и погромы превратили опричное войско в банду убийц и мародеров. В 1570 году с этой бандой царь двинулся на Новгород.
Он обвинил новгородцев в желании переметнуться на сторону Речи Посполитой (напомню, что тогда шла Ливонская война) и извести своего царя. Этого оказалось достаточно для почти полного уничтожения города. Разгром Новгорода продолжался шесть недель. Казни сопровождались изуверскими пытками. Каждый день сотни людей сбрасывали под лед Волхова. Вода в реке покраснела от крови. Опричники рыскали по окрестным селам и деревням, расправлялись со всеми: боярами, священниками, купцами, ремесленниками. Погибли тысячи крестьян и посадских. Царь разорил в городе все церкви. Город был опустошен, как будто по нему прошлись полчища Батыя. После опричного разгрома Новгород из мощного городского центра превратился в провинциальное захолустье. Из похода опричники возвращались с награбленным добром. Царь хотел также разгромить и Псков, который лишь чудом уцелел. Говорят, что царя предостерёг юродивый Николка, и от страха перед святым человеком Иван отступил.
Летом 1570 года начались казни в Москве. Перепуганных горожан сгоняли на площадь, где установили виселицы и плахи. Москвичи в ужасе говорили, что царь хочет уничтожить всех жителей столицы. Но казни затронули только работников приказов. Несколько часов продолжалось это побоище. Казнили более сотни человек. Царь и его сын Иван лично расправлялись с «изменниками».
За несколько лет Иван Грозный разорил свою страну. Какой же смысл был во всём этом? Долгое время историки полагали, что с помощью опричнины место старого боярства заняло дворянство, добивавшееся для себя ведущего положения в государстве. Но исследования А. А. Зимина, В. Б. Кобрина и других историков показали, что опричина вовсе не была направлена против бояр. С помощью этого «инструмента» Иван Грозный пытался избавиться от пережитков удельной системы: уничтожил последний удел — своего брата Владимира старицкого, сохранявший хотя бы видимость какой-то самостоятельности, стремился подчинить своей воле церковь, ликвидировав митрополита Филиппа, наконец, разгромил Новгород, ещё помнивший о былой вольности. Но самое главное — Грозный укреплял свою абсолютную власть, недаром в опричнине состояли только лично преданные царю люди. Путь постепенных реформ Избранной рады оказался для Ивана менее приемлем, чем «шоковая терапия» опричного беспредела. Накладывала свой отпечаток и своеобразная личность самого царя.
Бежавший за границу бывший друг Грозного князь Курбский обличал в письмах к нему опричную политику: «За что, о царь, бояр побил и воевод, Богом данных тебе, различным смертям предал? За что победоносную и святую кровь их в церквах Божьих пролил и их мученическою кровью обагрил церковные пороги? И на доброжелателей твоих, душу за тебя полагающих, неслыханные мучения, и гонения, и смерть замыслил и, обвинив без вины православных в измене, чародействе и в ином неподобном, тщетно пытался белое за чёрное и сладкое за горькое выдать! В чём провинились перед тобою, о царь, чем прогневили тебя, христианский заступник? То ли нам, бедным, воздал, всячески губя нас? Или думаешь, что ты бессмертен, царь? Не думай, царь, не представляй мысленно, что мы, убитые, заточённые и изгнанные тобою без вины, уже погибли. Не радуйся этому, мнимой силой хвалясь: убитые тобою, стоя у престола Господня, просят отмщения; заточённые же и несправедливо изгнанные в другие края, взываем мы к Богу день и ночь».