Однако оставался ещё младший сын Ивана — Дмитрий. Его судьба, а точнее смерть стала кровавым прологом к событиям Смутного времени. После смерти Грозного Дмитрия, которому было всего полтора года, и его мать Марию Фёдоровну Нагую, седьмую по счёту и последнюю жену царя Ивана, отправили в Углич, последний, чисто номинальный удел средневековой Руси. Конечно, «устранение» Дмитрия из Москвы организовал Годунов. Он всеми способами стремился упрочить свою власть, а может быть, и сам надеялся в будущем занять трон. Ведь единственный ребёнок царя Фёдора и царицы Ирины — дочь Феодосия умерла, не прожив и двух лет.
Царевич Дмитрий от рождения страдал тяжёлым недугом — эпилепсией. Эту болезнь на Руси называли «падучей». Временами с царевичем случались припадки. Тогда он бросался оземь, а его тело билось в страшных судорогах. По характеру Дмитрий напоминал отца. Он отличался какой-то странной, недетской жестокостью. Любил, например, зимой лепить снеговиков, называть их именами бояр и «рубить» им головы. Говорил, что так будет поступать с придворными, когда станет царём, а первым «из снеговиков» оказывался Годунов.
В полдень 15 мая 1591 года жители Углича услышали набат. На дворе терема, где жил с матерью царевич, стряслась беда. Умирающий Дмитрий лежал на земле, истекая кровью. На крик мамки царевича Василисы Волоховой выбежала Мария Нагая. Она иступлённо кричала, что её сына убили. Сбежавшиеся горожане под руководством родственников царицы Нагих тут же расправились с теми, кого заподозрили в преступлении, и разгромили Приказную избу.
Четыре дня спустя в Углич прибыла специальная комиссия во главе с боярином князем Василием Ивановичем Шуйским. Она должна была провести расследование и установить истину. Вывод следствия был однозначен: царевич играл с ребятами в «тычку», то есть бросал ножик в очерченный на земле круг; во время игры у Дмитрия случился припадок, он случайно наткнулся на нож и поранил себя в шею. Как показала Волохова, Дмитрия «бросило о землю, и тут царевич сам себя ножом поколол в горло». Рана оказалась смертельной. Однако в народе поползли слухи, что царевича убили люди, подосланные Борисом Годуновым.
Как бы то ни было, смерть Дмитрия действительно облегчила Борису путь к власти. Теперь у царя Фёдора не осталось наследников. И царская династия Рюриковичей неминуемо должна была закончиться.
Призраки царского рода
По некоторым сведениям, перед смертью в 1598 году Фёдор Иоаннович передал власть своей жене Ирине Годуновой. Однако она постриглась в Новодевичий монастырь под именем Александры (где и умерла в октябре 1603 года). Вопрос о наследнике престола оказался открытым, и тогда наступил звёздный час Бориса Годунова. Он сумел обойти соперников, и на Земском соборе его провозгласили московским царём. Таким образом, впервые в русской истории на престоле оказался человек, занявший его не по праву рождения, а в силу выбора. Род Годуновых хоть и был древним, не мог соперничать по знатности с многими другими боярскими фамилиями. Но узы родства связывали Бориса и с царём Фёдором, и с другими семьями, близкими ко двору. Сам он был женат на дочери Малюты Скуратова, а её сестра была супругой князя Дмитрия Ивановича Шуйского, старшего брата вышеупомянутого Василия Шуйского.
В момент коронации Годунов попытался привлечь на свою сторону разные общественые слои. Московский люд целую неделю бесплатно угощали мёдом и пивом. Боярам и дворянам выдали сразу тройное жалованье. Из тюрем освободили многих заключённых, а смертная казнь была вообще отменена на пять лет вперёд. Во время церемонии венчания на царство Борис заявил: «Бог свидетель сему, никто не будет в моём царствии нищ или беден», а потом, взявшись за ворот сорочки, сказал: «И сию последнюю разделю со всеми». Но эти обещания оказалось не так-то легко выполнить.
Став царём, Годунов в 1600 — 1601 годах жестоко расправился с родственниками царя Фёдора по матери — боярской семьей Романовых. Главу рода — Фёдора Никитича Романова, доводившегося двоюродным братом царю Фёдору, насильно постригли в монахи с именем Филарета и отправили в дальний монастырь. Других Романовых тоже ждали опала и ссылка.
Казалось бы, теперь за будущее царствования можно не волноваться. Борис продолжал проводить ту же политику, что и при царе Фёдоре, он даже пытался облегчить жизнь простого народа, уменьшить налоговое бремя. Но условия для него сложились неблагоприятно.