Совсем неудивительно, что Березовский подал в суд за клевету. Дело в том, что расследование могло затянуться на годы, после чего можно было услышать опровержение. Березовский не сдавался, он боролся за право отстаивать свою позицию в британских судах, в условиях жесткого противостояния «Forbes». Он утверждал, что обладал соответствующей юрисдикцией для рассмотрения данного дела в Великобритании, так как имел существенный бизнес, социальные и семейные связи с этой страной: его вторая жена жила отдельного от него в Лондоне с двумя детьми, у него были еще две дочери от предыдущего брака, которые учились в Кембриджском университете. «Forbes» проиграл битву, и в марте 2003 года дело было окончательно урегулировано после того, как журнал подтвердил, что их публикация была ложной, и дал обещание никогда публиковать ее впредь на своем сайте.
Служба Березовского в качестве заместителя министра Совета безопасности продлилась недолго. Он вместе с Владимиром Гусинским ввязался в войну против Владимира Потанина после результатов аукциона по продаже телекоммуникационной компании «Связьинвест» в июле 1997 года.
Потанин, при поддержке Джорджа Сороса, выиграл заявку, предложив 1,9 миллиарда долларов, но Березовский вместе с Абрамовичем и Гусинским отказался принимать результаты аукциона и, используя возможности своей медиаимперии, утверждал, что процесс был сфальсифицирован Потаниным, который якобы дал взятки членам правительства. Анатолий Чубайс и Борис Немцов, которые стали первыми вице-премьерами в начале того года, взяли на себя решение этого вопроса.
Ни одна из сторон не хотела идти на компромисс, в своей книге «Прощание кремлевского диггера» Елена Трегубова цитирует Немцова, описывая напряженную встречу на некой даче, где присутствовали Валентин Юмашев и Татьяна Дьяченко: «…Я пришел вместе с Чубайсом, потому что мы думали, что Валя хочет сказать нам что-нибудь о происходящей ситуации, но он ни с кем не говорил. Таня и Валя сидели молча и ели шашлыки, какой-то парень приготовил для них. Кто-то сказал мне позже, что это был Роман Абрамович».
Так называемая «информационная война» затянулась на месяцы, пока Чубайс и Немцов не подошли к Ельцину с просьбой уволить Березовского, аргументируя это тем, что члены правительства начнут игнорировать его. Ельцин принял решение в ноябре, позже в своих воспоминаниях он напишет, что «никогда не любил Березовского… из-за его высокомерного тона» и потому что люди приписывают ему «особое влияние в Кремле», далее добавив, что он был нужен из-за своих «талантов» и деловой хватки.
Ельцин зря думал, что таким образом он сможет избавиться от Березовского. В апреле следующего года, украинский президент Леонид Кучма предложил ему должность исполнительного секретаря Содружества Независимых Государств (СНГ). Задача секретаря заключается в организации сотрудничества между участниками Содружества. Так у него появилась ключевая роль в политике регионов.
Впервые российские предприниматели появились в списке богатейших людей мира журнала «Forbes» в 1997 году. Первая пятерка выглядела так: Борис Березовский — 3 млрд долларов; Михаил Ходорковский — 2,4 млрд долларов; Вагит Алекперов —1,4 млрд долларов; Рем Вяхирев — 1,4 млрд долларов;Владимир Потанин — 700 млн долларов;Владимир Гусинский — 400 млн долларов
Ельцин позже признался, что новое назначение Березовского вызвало у него «полное удивление». Он был еще более удивлен, когда один за другим главы государств поддержали Березовского в качестве нового секретаря. Позже выяснилось, что это произошло не без тайного участия Березовского, повлиявшего на процесс через ближайших советников Ельцина и президентов других государств.
Ельцин просил глав других государств пересмотреть это решение, они же реагировали с недоумением, спрашивая, почему президент России выступает против российского кандидата. После короткой встречи с Березовским, преодолевая несколько презрительное отношение к нему, Ельцин все же соглашается с его кандидатурой. Победа оказалась недолгой, через год Березовский был уволен по инициативе Ельцина. Больше ему не удасться занять какую-либо должность в правительстве.
В этот период несколько меняется характер отношений между Березовским и Абрамовичем, которые когда-то были парой — наставник и протеже. «Это были, конечно, не отношения босса — сотрудника, — говорит один из инсайдеров. — Березовский часто посещал «Сибнефть», чтобы увидеть Абрамовича». В 1998 году Абрамович был еще не известен для иностранных инвесторов, а также российской общественности в целом. Грегори Баркер попытался убедить его открыть реестр акционеров, чтобы показать людям, что эксцентричный Березовский (именно так он воспринимался Западом) является не всесильным акционером «Сибнефти». Абрамович отказался открыть реестр, но все же решил рассказать о партнерстве с Березовским в надежде, что это поможет компании выйти на международный уровень.
Это желание было оценено западными инвесторами как наиболее очевидная причина обвала рубля в августе 1998 года.